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特定细胞系转录因子表达谱 已有1人参与
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| 大家好！我正在开展一个课题，内容是转录因子对lncRNA转录调控的预测，实验设计的一部分是想比较特定细胞系中TF和lncRNA表达谱的关系，因此我在寻找特定细胞系的转录因子的表达谱，请问有人知道哪些数据库能提供这方面的信息吗？ |
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2楼2018-03-19 00:13:18
3楼2018-03-19 19:09:10
4楼2018-03-19 23:41:48
【答案】应助回帖
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青色珊瑚礁11: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2018-04-11 13:57:58
青色珊瑚礁11: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2018-04-11 13:57:58
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如果要特定细胞系的转录因子的表达数据，不知道你要的是转录组还是ChIP-Seq 如果是ChIP-Seq的数据： 那么有https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/roadmap/epigenomics/?view=matrix 如果是表达谱的数据，那么我这里比较推荐的细胞系的Affymetrix的数据，GEO数据库有一组Affymetrix的各种细胞系的U133 2.0+的表达谱数据，测的是比较全面的，在里面各类的肿瘤细胞系都能找到。 如果是RNASeq的组织测序数据，那么我这里比较推荐的是GTEX的表达数据库，是Broad做的，嘛，这个需要科学上网。 如果只是需要位点，个人建议的是Ensembl VEP 软件的Motif feature数据库注释。 |
5楼2018-03-26 10:54:02