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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 特定细胞系转录因子表达谱
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青色珊瑚礁11

新虫 (初入文坛)

[求助] 特定细胞系转录因子表达谱 已有1人参与

大家好！我正在开展一个课题，内容是转录因子对lncRNA转录调控的预测，实验设计的一部分是想比较特定细胞系中TF和lncRNA表达谱的关系，因此我在寻找特定细胞系的转录因子的表达谱，请问有人知道哪些数据库能提供这方面的信息吗？
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1楼 2018-03-18 22:13:57
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在水壹方

新虫 (小有名气)
做高通量测序或者表达谱筛选

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2楼2018-03-19 00:13:18
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青色珊瑚礁11

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 在水壹方 at 2018-03-19 00:13:18
做高通量测序或者表达谱筛选

谢谢您的建议！但是我现在就是在找这方面的实验数据，您知道在哪些平台上可以找到这些实验数据吗？
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3楼2018-03-19 19:09:10
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在水壹方

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 青色珊瑚礁11 at 2018-03-19 19:09:10
谢谢您的建议！但是我现在就是在找这方面的实验数据，您知道在哪些平台上可以找到这些实验数据吗？...

NCBI数据库

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4楼2018-03-19 23:41:48
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woogie

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
青色珊瑚礁11: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2018-04-11 13:57:58
如果要特定细胞系的转录因子的表达数据，不知道你要的是转录组还是ChIP-Seq
如果是ChIP-Seq的数据：
那么有https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/roadmap/epigenomics/?view=matrix
如果是表达谱的数据，那么我这里比较推荐的细胞系的Affymetrix的数据，GEO数据库有一组Affymetrix的各种细胞系的U133 2.0+的表达谱数据，测的是比较全面的，在里面各类的肿瘤细胞系都能找到。
如果是RNASeq的组织测序数据，那么我这里比较推荐的是GTEX的表达数据库，是Broad做的，嘛，这个需要科学上网。
如果只是需要位点，个人建议的是Ensembl VEP 软件的Motif feature数据库注释。
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5楼2018-03-26 10:54:02
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