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生物小虫007

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[交流] Nature丨小生物,大基因:六角龙基因组测序揭开再生之谜

“头上有犄角，身后有尾巴，”但它不是小龙人，而是六角恐龙”-美西钝口螈。如果你光看外表只觉得它萌萌哒很可亲，那么你可知他拥有强大的再生能力？近日就有这么一些研究者发表了美西钝口螈的研究结果。

Pacbio SMRT测序解密美西钝口螈再生之谜
1月24日，Nature在线发表美西钝口螈（Ambystoma mexicanum）（~32Gb）基因组组装结果，是迄今组装完成最大的基因组。来自全球10余家科研机构的研究者以共同第一作者在自然杂志（Nature）在线发表了题为“The axolotl genome and the evolution of key tissue formation regulators”（DOI: 10.1038/nature25458）的论文发表了美西螈基因组的基因组测序研究结果。
32×PacBio SMRT测序+Bionano光学图谱+MARVEL新算法。MARVEL新算法集成两阶段reads校正程序，可以保持长reads的完整性。组装Congtig N50：216kb，Scaffold N50：3Mb，基因组大小：32.4Gb。基因组中重复序列占65.6%（18.6Gb），说明如果能在长区段重复序列有很好的覆盖和跨越，对基因组组装起至关重要的作用。

图注：Axolotl全基因组序列测定及组装

研究人员将那些在再生肢体细胞中表达较丰富的基因和 microRNA 序列标记为进一步研究的目标，美西钝口螈基因组中不包含其它已知脊椎动物基本的发育基因Pax3，其基因功能由旁系同源基因Pax7 代偿。
研究表明尽管墨西哥钝口螈的基因组扩张至人类的10倍，然而通过深度的转录组学测序分析表明其编码基因的数量与其它物种比较无明显差别。存在于基因内含子区域及非基因区域的大量重复序列是导致蝾螈基因组扩张的主要原因。此外，通过进一步对墨西哥钝口螈基因组序列的分析，文章成功系统鉴定了普遍存在于其它物种中的重要基因家族（例如：hedgehogs以及Wnts）。

参考文献
Sergej Nowoshilow, Siegfried Schloissnig, Ji-Feng Fei , et al. The axolotl genome and the evolution of key tissue formation regulators.Nature.2018
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