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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 求助：下载的PDB文件是单体，怎样可以得到三聚体结构？
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chuxiao9299

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助：下载的PDB文件是单体，怎样可以得到三聚体结构？

如RCSB上，PDB ID : 1TNR，是TNFβ和受体蛋白的复合物。下载的PDB结构是1个配体和1个受体的复合物。https://www.rcsb.org/3d-view/1TNR/1

在3Dview界面可以选择assembly模式unit cell，结构显示为每3个复合物聚集在一起，形成3聚体。

我想知道下载的单一复合物pdb文件要怎么操作，得到这种3聚体复合物结构呢？谢谢
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1楼 2018-02-02 12:07:12
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hclwonder

新虫 (正式写手)
还有schrodinger软件有个模块，按说可能做的比上面那个网站更准确些

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3楼2018-02-02 13:59:28
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hclwonder

新虫 (正式写手)
http://www.ebi.ac.uk/msd-srv/prot_int/pistart.html 这个网站可以，很简单，得到的结构需要能量优化一下。

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chuxiao9299
2楼2018-02-02 13:58:27
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chuxiao9299

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by hclwonder at 2018-02-02 06:58:27
http://www.ebi.ac.uk/msd-srv/prot_int/pistart.html 这个网站可以，很简单，得到的结构需要能量优化一下。

非常感谢，这个网站我去试了一下，确实可以得到他的三聚体甚至6聚体的结构。不准确的地方在于，得到的三聚体结构和RCSB里unit cell模式的三聚体有一定差异。形成3聚体的方式没问题，但整体比正确的结构扁了许多。
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4楼2018-02-02 16:28:45
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