应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 求助：下载的PDB文件是单体，怎样可以得到三聚体结构？
41/1返回列表
查看: 2732  |  回复: 3
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

chuxiao9299

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助：下载的PDB文件是单体，怎样可以得到三聚体结构？

如RCSB上，PDB ID : 1TNR，是TNFβ和受体蛋白的复合物。下载的PDB结构是1个配体和1个受体的复合物。https://www.rcsb.org/3d-view/1TNR/1

在3Dview界面可以选择assembly模式unit cell，结构显示为每3个复合物聚集在一起，形成3聚体。

我想知道下载的单一复合物pdb文件要怎么操作，得到这种3聚体复合物结构呢？谢谢
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2018-02-02 12:07:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hclwonder

新虫 (正式写手)
http://www.ebi.ac.uk/msd-srv/prot_int/pistart.html 这个网站可以，很简单，得到的结构需要能量优化一下。

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

chuxiao9299
2楼2018-02-02 13:58:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hclwonder

新虫 (正式写手)
还有schrodinger软件有个模块，按说可能做的比上面那个网站更准确些

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
3楼2018-02-02 13:59:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chuxiao9299

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by hclwonder at 2018-02-02 06:58:27
http://www.ebi.ac.uk/msd-srv/prot_int/pistart.html 这个网站可以，很简单，得到的结构需要能量优化一下。

非常感谢，这个网站我去试了一下，确实可以得到他的三聚体甚至6聚体的结构。不准确的地方在于，得到的三聚体结构和RCSB里unit cell模式的三聚体有一定差异。形成3聚体的方式没问题，但整体比正确的结构扁了许多。
赞一下 回复此楼
4楼2018-02-02 16:28:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 chuxiao9299 的主题更新
41/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 Aj1rhIDL5ixY 2026-09-14 3/150 2026-09-15 20:14 by zNcEhTcH7ihq
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 Aj1rhIDL5ixY 2026-09-14 3/150 2026-09-15 19:59 by CgyNCDVNhGVg
[考研] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 0pYnUiPDfdnk 2026-09-14 3/150 2026-09-15 19:35 by CgyNCDVNhGVg
[考研] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 40ms4Wlo4umh 2026-09-14 3/150 2026-09-15 19:11 by CgyNCDVNhGVg
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 23jxep3nCNZb 2026-09-14 3/150 2026-09-15 18:47 by CgyNCDVNhGVg
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 4/200 2026-09-15 17:35 by CgyNCDVNhGVg
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 5/250 2026-09-15 16:59 by CgyNCDVNhGVg
[博后之家] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 5/250 2026-09-15 16:50 by CgyNCDVNhGVg
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 5/250 2026-09-15 16:39 by CgyNCDVNhGVg
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 5/250 2026-09-15 16:35 by CgyNCDVNhGVg
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 3/150 2026-09-15 15:27 by CgyNCDVNhGVg
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +6 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 7/350 2026-09-15 14:49 by VMDqgnlKimtZ
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +6 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 7/350 2026-09-15 14:13 by VMDqgnlKimtZ
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 23jxep3nCNZb 2026-09-14 3/150 2026-09-15 09:38 by VMDqgnlKimtZ
[教师之家] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-15 08:26 by C79jjtjAKjEn
[考博] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-15 07:58 by C79jjtjAKjEn
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 4/200 2026-09-15 06:50 by 5BDX0d0WFp7t
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +6 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 6/300 2026-09-15 05:50 by 5BDX0d0WFp7t
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +6 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 7/350 2026-09-15 05:22 by 5BDX0d0WFp7t
[考博] 27秋季材料博士申请求助 10+3 Cahal1 2026-09-11 4/200 2026-09-14 08:50 by 北京莱茵编辑
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭