24小时热门版块排行榜    

查看: 2690  |  回复: 3

chuxiao9299

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助:下载的PDB文件是单体,怎样可以得到三聚体结构?

如RCSB上,PDB ID : 1TNR,是TNFβ和受体蛋白的复合物。下载的PDB结构是1个配体和1个受体的复合物。https://www.rcsb.org/3d-view/1TNR/1

在3Dview界面可以选择assembly模式unit cell,结构显示为每3个复合物聚集在一起,形成3聚体。

我想知道下载的单一复合物pdb文件要怎么操作,得到这种3聚体复合物结构呢?谢谢
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hclwonder

新虫 (正式写手)

http://www.ebi.ac.uk/msd-srv/prot_int/pistart.html 这个网站可以,很简单,得到的结构需要能量优化一下。

发自小木虫Android客户端

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2018-02-02 13:58:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hclwonder

新虫 (正式写手)

还有schrodinger软件有个模块,按说可能做的比上面那个网站更准确些

发自小木虫Android客户端
3楼2018-02-02 13:59:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chuxiao9299

新虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by hclwonder at 2018-02-02 06:58:27
http://www.ebi.ac.uk/msd-srv/prot_int/pistart.html 这个网站可以,很简单,得到的结构需要能量优化一下。

非常感谢,这个网站我去试了一下,确实可以得到他的三聚体甚至6聚体的结构。不准确的地方在于,得到的三聚体结构和RCSB里unit cell模式的三聚体有一定差异。形成3聚体的方式没问题,但整体比正确的结构扁了许多。
4楼2018-02-02 16:28:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 chuxiao9299 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[找工作] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 Vi50GxzrFcSG 2026-08-07 4/200 2026-08-08 10:39 by 3OOjAIS77qg2
[硕博家园] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 Vi50GxzrFcSG 2026-08-07 6/300 2026-08-08 10:19 by 3OOjAIS77qg2
[基金申请] fileCode有新解读? +8 Tide man 2026-08-08 16/800 2026-08-08 09:59 by Tide man
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 HEQlVqMTIA7d 2026-08-07 5/250 2026-08-08 08:59 by 6vVgjDL4CnGu
[基金申请] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 KXLV3nuBVBY7 2026-08-07 4/200 2026-08-08 08:21 by 6vVgjDL4CnGu
[考博] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 HEQlVqMTIA7d 2026-08-07 3/150 2026-08-08 03:47 by 6vVgjDL4CnGu
[基金申请] 基金中了 +14 laoda193707 2026-08-06 14/700 2026-08-08 00:23 by 实验小白ha
[基金申请] 关于filecode +4 布布和一二 2026-08-07 7/350 2026-08-07 22:55 by zhanghaozhu
[基金申请] 娱乐 +6 Tide man 2026-08-03 6/300 2026-08-07 22:40 by 铁帽子农民
[基金申请] 化学口download_prp&fileCode的固定段好像这几天一直没变,有变的大神么? +3 Tide man 2026-08-07 4/200 2026-08-07 22:39 by Tide man
[基金申请] 关于代码变化问题,想知道的进来 +9 且听虎啸 2026-08-07 12/600 2026-08-07 21:53 by 理想三旬2025
[基金申请] 听说今天filecode变了 +24 布布和一二 2026-08-06 47/2350 2026-08-07 16:02 by zhiyanjiang
[基金申请] filecode与中标关系的预测 +3 布布和一二 2026-08-07 3/150 2026-08-07 15:09 by gltch
[基金申请] 关于豆爷回答的JTJC与%2F数量 +4 yang182083 2026-08-06 6/300 2026-08-07 12:43 by 虫友是什么虫
[基金申请] filecode +14 等待解的谜 2026-08-06 19/950 2026-08-07 12:20 by wlwhappy
[基金申请] 求各位大神看下 100+6 hpkpkpkp 2026-08-05 33/1650 2026-08-06 14:49 by zhiyanjiang
[基金申请] 8月时间戳变的,举个手。玩一下,释放压力 +9 archvillain 2026-08-04 11/550 2026-08-05 20:06 by wlwhappy
[基金申请] 好消息?这个有何含义??? +8 Tide man 2026-08-05 10/500 2026-08-05 16:14 by xmuxiaoyu
[基金申请] 纯娱乐,不喜欢勿喷 +7 Tide man 2026-08-04 10/500 2026-08-04 15:10 by loufangrui
[基金申请] 面上提前没消息,有中的吗 +14 archvillain 2026-08-02 18/900 2026-08-04 14:42 by archvillain
信息提示
请填处理意见