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fuyiwy

新虫 (初入文坛)

[求助] ncbi提交序列后出现的问题,求解答!!!

请问NCBI提交序列后,收到了GenBank员工的回信,主要内容就是下面这段话,请站里面的大神帮忙指点哈这个要怎么处理,到底是什么原因?应该怎么处理后再提交?谢谢路过的各位!!!
All of the protein coding sequences in files 41398.sqn and 45367.sqn
contain internal stop codons, reading frame shifts (insertions/deletions
based on BLAST similarity search results and/or an alignment), and/or
have translations that show little or no similarity to other proteins
in the database:
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karisq33

铜虫 (小有名气)

不是编码区序列,你提交的材料可能是标记了编码区,但是翻译过来有终止密码子等等,就是你提交的不是编码区却写了编码区

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» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2018-01-29 13:47:36
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fuyiwy

新虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by karisq33 at 2018-01-29 13:47:36
不是编码区序列,你提交的材料可能是标记了编码区,但是翻译过来有终止密码子等等,就是你提交的不是编码区却写了编码区

因为我是测了转录组后设计的单/低拷贝核基因引物  然后扩增的序列  可能是扩增以后包含了基因间隔区。那请问可以用什么方法将间隔区找出来呢?
3楼2018-01-29 19:55:54
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karisq33

铜虫 (小有名气)

blast找到同源或相似序列,比不上的就是间隔区,但是回复你的邮件里写的是没有blast到相似蛋白,你可以用核苷酸序列 blast

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4楼2018-01-29 20:59:03
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