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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » ncbi提交序列后出现的问题，求解答！！！
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fuyiwy

新虫 (初入文坛)

[求助] ncbi提交序列后出现的问题，求解答！！！

请问NCBI提交序列后，收到了GenBank员工的回信，主要内容就是下面这段话，请站里面的大神帮忙指点哈这个要怎么处理，到底是什么原因？应该怎么处理后再提交？谢谢路过的各位！！！
All of the protein coding sequences in files 41398.sqn and 45367.sqn
contain internal stop codons, reading frame shifts (insertions/deletions
based on BLAST similarity search results and/or an alignment), and/or
have translations that show little or no similarity to other proteins
in the database:
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1楼 2018-01-28 19:26:46
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karisq33

铜虫 (小有名气)
不是编码区序列，你提交的材料可能是标记了编码区，但是翻译过来有终止密码子等等，就是你提交的不是编码区却写了编码区

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fuyiwy
2楼2018-01-29 13:47:36
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fuyiwy

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by karisq33 at 2018-01-29 13:47:36
不是编码区序列，你提交的材料可能是标记了编码区，但是翻译过来有终止密码子等等，就是你提交的不是编码区却写了编码区

因为我是测了转录组后设计的单/低拷贝核基因引物  然后扩增的序列  可能是扩增以后包含了基因间隔区。那请问可以用什么方法将间隔区找出来呢？
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3楼2018-01-29 19:55:54
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karisq33

铜虫 (小有名气)
blast找到同源或相似序列，比不上的就是间隔区，但是回复你的邮件里写的是没有blast到相似蛋白，你可以用核苷酸序列 blast

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4楼2018-01-29 20:59:03
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