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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 模拟时时间步长的选择，1fs和2fs对结果有影响吗
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吉米爱多

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 模拟时时间步长的选择，1fs和2fs对结果有影响吗 已有3人参与

看到文献中多数用了1fs，但也有一些用了2fs。单纯从计算速度看，2fs有优势。请问各位1fs和2fs区别在哪里？能发一下相关链接讲这个问题是最好啦。还有就是，在一项研究中，可否采用不同的时间步长？
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1楼 2018-01-14 13:35:23
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brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
莫问这个，看书书书书书书去。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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4楼2018-01-15 06:46:55
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awaken2013

铜虫 (小有名气)
体系容易崩溃 最好1fs

发自小木虫IOS客户端
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吉米爱多
2楼2018-01-14 16:32:16
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chuntao118

新虫 (著名写手)
MD模拟选择时间步长通常的选择是考虑计算效率的同时，兼顾体系能够达到平衡态。一般会选择分子健震动周期的十分之一。这个可以参考陈正隆著的分子动力学教材！

发自小木虫Android客户端
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吉米爱多
3楼2018-01-14 20:40:30
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吉米爱多

铁杆木虫 (著名写手)
送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by chuntao118 at 2018-01-14 20:40:30
MD模拟选择时间步长通常的选择是考虑计算效率的同时，兼顾体系能够达到平衡态。一般会选择分子健震动周期的十分之一。这个可以参考陈正隆著的分子动力学教材！

谢谢
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5楼2018-01-15 11:17:12
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