应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » [求助]MS动力学模拟的问题
271/3返回列表123下一页
查看: 1390  |  回复: 26
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

yncuiyan

木虫 (小有名气)

[交流] [求助]MS动力学模拟的问题

我在用amorphous cell模块构建了一个含1100个分子的盒子，可是结果出现错误，具体如下：

Error: Dynamics: Energy difference between successive steps in dynamics is greater than the user defined variable DEVIATION,  5000.000
    while executing
"dynamics  time = 100000 timestep = 1.0  initial_temperature = 298.00 +boltzmann  ensemble = NVT temperature_control_method = velocity_scaling  integra ..."
    ("while" body line 10)
    invoked from within
"while {[readFile archive frame = $iframe filename = $arcname] != ""} {
          echo "\n******************************"
          echo "Processing fr ..."

请问这个是什么问题？是由什么引起的，怎么样能够解决这个错误？

先谢谢各位

[ Last edited by yncuiyan on 2009-3-4 at 10:28 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2009-03-03 19:08:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qasd

木虫 (著名写手)
★
wuli8(金币+1,VIP+0):(*^__^*) 3-5 09:27
能量太高，先最小化再动力学计算
construction时候下面那个不要打勾
赞一下(10人) 回复此楼
2楼2009-03-03 20:19:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yncuiyan

木虫 (小有名气)
谢谢版主，我试一下，明天上来汇报
赞一下 回复此楼
3楼2009-03-03 21:56:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yncuiyan

木虫 (小有名气)
再问问版主，一个离子为-1价，在MS里面应该定义成-e还是e？
赞一下 回复此楼
4楼2009-03-04 09:03:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

点点儿

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by qasd at 2009-3-3 20:19:
能量太高，先最小化再动力学计算
construction时候下面那个不要打勾

我在建模的时候经过了很多步的能量最小化，但依旧出现以下错误：
Error: Dynamics: Energy difference between successive steps in dynamics is greater than the user defined variable DEVIATION,  5000.000

为什么呢？求助
赞一下 回复此楼
5楼2009-03-04 09:52:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Eileen7600

捐助贵宾 (小有名气)

worker
把Energy deviation 设置高些，不要使用默认的5000.比如设置成100000.
赞一下 回复此楼
Workerwillbecomeboss,Ibelieve!
6楼2009-03-04 11:50:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qasd

木虫 (著名写手)
★
wuli8(金币+1,VIP+0):(*^__^*) 3-5 09:29
是在construction的时候出现的这个问题？那么建议construction时下面那个选项不要打勾
如果是在动力学阶段出现这个问题，那么可以继续minimize，或者减小动力学步长
引用回帖:
Originally posted by 点点儿 at 2009-3-4 09:52:


我在建模的时候经过了很多步的能量最小化，但依旧出现以下错误：
Error: Dynamics: Energy difference between successive steps in dynamics is greater than the user defined variable DEVIATION,  5000. ...

赞一下(10人) 回复此楼
7楼2009-03-04 12:49:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qasd

木虫 (著名写手)
离子晶体还是游离的离子？
引用回帖:
Originally posted by yncuiyan at 2009-3-4 09:03:
再问问版主，一个离子为-1价，在MS里面应该定义成-e还是e？

赞一下 回复此楼
8楼2009-03-04 12:50:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

点点儿

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by qasd at 2009-3-4 12:49:
是在construction的时候出现的这个问题？那么建议construction时下面那个选项不要打勾
如果是在动力学阶段出现这个问题，那么可以继续minimize，或者减小动力学步长

是在construction的时候出现的这个问题，您说的那个下面选项不要打钩是指refine configurations following construction么？

还有target density of the final configurations 这个密度通常怎么确定？

觉得自己什么都不会。。。麻烦版主了，谢谢
赞一下 回复此楼
9楼2009-03-04 18:59:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qasd

木虫 (著名写手)
★
wuli8(金币+1,VIP+0):(*^__^*) 3-5 09:28
对，就是那个
密度需要用实验数据来算
赞一下(10人) 回复此楼
10楼2009-03-04 22:21:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 yncuiyan 的主题更新
271/3返回列表123下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +5 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 6/300 2026-09-15 05:13 by 5BDX0d0WFp7t
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +6 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 8/400 2026-09-15 05:01 by mibUvS8DDCwf
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-15 00:21 by mibUvS8DDCwf
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-15 00:12 by vZfe6xYu34yj
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 5/250 2026-09-14 23:13 by vZfe6xYu34yj
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 3/150 2026-09-14 23:09 by vZfe6xYu34yj
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 5/250 2026-09-14 22:45 by vZfe6xYu34yj
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 3/150 2026-09-14 22:33 by vZfe6xYu34yj
[考研] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 5/250 2026-09-14 22:25 by vZfe6xYu34yj
[找工作] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 5/250 2026-09-14 22:13 by vZfe6xYu34yj
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 5/250 2026-09-14 22:12 by vZfe6xYu34yj
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 5/250 2026-09-14 22:00 by vZfe6xYu34yj
[考博] 上海工程技术大学激光智能制造课题组招收博士研究生 +4 两三岁ss 2026-09-14 4/200 2026-09-14 20:29 by 班主任的同桌
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 3/150 2026-09-14 18:01 by Aj1rhIDL5ixY
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 3/150 2026-09-14 15:09 by Aj1rhIDL5ixY
[基金申请] 求教各位大神：2026教育部人文社科青年基金项目何时公示呀？ +5 云宴山人 2026-09-10 7/350 2026-09-14 12:11 by ecnu2013
[找工作] 浙江师范大学是怎么坑我的 +6 recruit123 2026-09-09 6/300 2026-09-14 12:00 by 萨仁其其格
[考博] 西北工业大学材料学院电化学传感与催化课题组招收2027年推免研究生、博士生、博士后 +3 马方园 2026-09-10 4/200 2026-09-14 09:29 by Chem张zz
[考博] 27秋季材料博士申请求助 10+3 Cahal1 2026-09-11 4/200 2026-09-14 08:50 by 北京莱茵编辑
[教师之家] 浙江师范大学是怎么坑我的 +10 recruit123 2026-09-09 15/750 2026-09-13 10:45 by seaskyy
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭