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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » [求助]MS动力学模拟的问题
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yncuiyan

木虫 (小有名气)

[交流] [求助]MS动力学模拟的问题

我在用amorphous cell模块构建了一个含1100个分子的盒子，可是结果出现错误，具体如下：

Error: Dynamics: Energy difference between successive steps in dynamics is greater than the user defined variable DEVIATION,  5000.000
    while executing
"dynamics  time = 100000 timestep = 1.0  initial_temperature = 298.00 +boltzmann  ensemble = NVT temperature_control_method = velocity_scaling  integra ..."
    ("while" body line 10)
    invoked from within
"while {[readFile archive frame = $iframe filename = $arcname] != ""} {
          echo "\n******************************"
          echo "Processing fr ..."

请问这个是什么问题？是由什么引起的，怎么样能够解决这个错误？

先谢谢各位

[ Last edited by yncuiyan on 2009-3-4 at 10:28 ]
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1楼 2009-03-03 19:08:59
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qasd

木虫 (著名写手)
★
wuli8(金币+1,VIP+0):(*^__^*) 3-5 09:27
能量太高，先最小化再动力学计算
construction时候下面那个不要打勾
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2楼2009-03-03 20:19:03
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yncuiyan

木虫 (小有名气)
谢谢版主，我试一下，明天上来汇报
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3楼2009-03-03 21:56:56
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yncuiyan

木虫 (小有名气)
再问问版主，一个离子为-1价，在MS里面应该定义成-e还是e？
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4楼2009-03-04 09:03:45
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点点儿

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by qasd at 2009-3-3 20:19:
能量太高，先最小化再动力学计算
construction时候下面那个不要打勾

我在建模的时候经过了很多步的能量最小化，但依旧出现以下错误：
Error: Dynamics: Energy difference between successive steps in dynamics is greater than the user defined variable DEVIATION,  5000.000

为什么呢？求助
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5楼2009-03-04 09:52:00
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Eileen7600

捐助贵宾 (小有名气)

worker
把Energy deviation 设置高些，不要使用默认的5000.比如设置成100000.
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Workerwillbecomeboss,Ibelieve!
6楼2009-03-04 11:50:41
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qasd

木虫 (著名写手)
★
wuli8(金币+1,VIP+0):(*^__^*) 3-5 09:29
是在construction的时候出现的这个问题？那么建议construction时下面那个选项不要打勾
如果是在动力学阶段出现这个问题，那么可以继续minimize，或者减小动力学步长
引用回帖:
Originally posted by 点点儿 at 2009-3-4 09:52:


我在建模的时候经过了很多步的能量最小化，但依旧出现以下错误：
Error: Dynamics: Energy difference between successive steps in dynamics is greater than the user defined variable DEVIATION,  5000. ...

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7楼2009-03-04 12:49:25
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qasd

木虫 (著名写手)
离子晶体还是游离的离子？
引用回帖:
Originally posted by yncuiyan at 2009-3-4 09:03:
再问问版主，一个离子为-1价，在MS里面应该定义成-e还是e？

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8楼2009-03-04 12:50:17
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点点儿

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by qasd at 2009-3-4 12:49:
是在construction的时候出现的这个问题？那么建议construction时下面那个选项不要打勾
如果是在动力学阶段出现这个问题，那么可以继续minimize，或者减小动力学步长

是在construction的时候出现的这个问题，您说的那个下面选项不要打钩是指refine configurations following construction么？

还有target density of the final configurations 这个密度通常怎么确定？

觉得自己什么都不会。。。麻烦版主了，谢谢
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9楼2009-03-04 18:59:41
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qasd

木虫 (著名写手)
★
wuli8(金币+1,VIP+0):(*^__^*) 3-5 09:28
对，就是那个
密度需要用实验数据来算
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10楼2009-03-04 22:21:24
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