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yncuiyan

木虫 (小有名气)

[交流] [求助]MS动力学模拟的问题

我在用amorphous cell模块构建了一个含1100个分子的盒子,可是结果出现错误,具体如下:

Error: Dynamics: Energy difference between successive steps in dynamics is greater than the user defined variable DEVIATION,  5000.000
    while executing
"dynamics  time = 100000 timestep = 1.0  initial_temperature = 298.00 +boltzmann  ensemble = NVT temperature_control_method = velocity_scaling  integra ..."
    ("while" body line 10)
    invoked from within
"while {[readFile archive frame = $iframe filename = $arcname] != ""} {
          echo "\n******************************"
          echo "Processing fr ..."

请问这个是什么问题?是由什么引起的,怎么样能够解决这个错误?

先谢谢各位

[ Last edited by yncuiyan on 2009-3-4 at 10:28 ]
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qasd

木虫 (著名写手)


wuli8(金币+1,VIP+0):(*^__^*) 3-5 09:27
能量太高,先最小化再动力学计算
construction时候下面那个不要打勾
2楼2009-03-03 20:19:03
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qasd

木虫 (著名写手)


wuli8(金币+1,VIP+0):(*^__^*) 3-5 09:29
是在construction的时候出现的这个问题?那么建议construction时下面那个选项不要打勾
如果是在动力学阶段出现这个问题,那么可以继续minimize,或者减小动力学步长
引用回帖:
Originally posted by 点点儿 at 2009-3-4 09:52:


我在建模的时候经过了很多步的能量最小化,但依旧出现以下错误:
Error: Dynamics: Energy difference between successive steps in dynamics is greater than the user defined variable DEVIATION,  5000. ...

7楼2009-03-04 12:49:25
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qasd

木虫 (著名写手)

离子晶体还是游离的离子?
引用回帖:
Originally posted by yncuiyan at 2009-3-4 09:03:
再问问版主,一个离子为-1价,在MS里面应该定义成-e还是e?

8楼2009-03-04 12:50:17
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qasd

木虫 (著名写手)


wuli8(金币+1,VIP+0):(*^__^*) 3-5 09:28
对,就是那个
密度需要用实验数据来算
10楼2009-03-04 22:21:24
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qasd

木虫 (著名写手)


zxzj05(金币+1,VIP+0):3ku 期待更多讨论! 3-10 22:02
不高,但是一般来说改这个没什么大用
13楼2009-03-08 11:00:07
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qasd

木虫 (著名写手)


wuli8(金币+1,VIP+0):(*^__^*)谢谢,讨论! 3-8 19:34
不需要,除非你是用分子力学研究问题,那样必须要收敛才行
正常minimize到可以做动力学就可以了,要不然做动力学的时候能量也会升回来的
15楼2009-03-08 17:33:24
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qasd

木虫 (著名写手)

★ ★
zxzj05(金币+2,VIP+0):xiexie 期待多参与讨论! 3-10 14:52
能量差多大都能建出来盒子
我说过,下面的那个不要打勾,打勾的话系统会做5000步的动力学,这个过程能量高的话就会报错的
而不打勾系统是做200步的minimize,200步显然不够的,自己再接着做minimize,然后就可以进入正式动力学步骤了
17楼2009-03-08 21:47:26
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qasd

木虫 (著名写手)


zxzj05(金币+1,VIP+0):3ku 期待更多讨论! 3-10 22:03
高温到低温,不用预平衡
低温到高温,需要预平衡
22楼2009-03-10 18:08:55
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qasd

木虫 (著名写手)


zxzj05(金币+1,VIP+0):3Q! 3-17 18:22
差不多,知道适用范围就行了,除非你是学计算物理的,需要研究背景理论
Berendsen不是通过一个真实的物理过程来改变压力的。
Decay constant是MS处理它的一个参数,默认0.1,不同体系需要设置
24楼2009-03-11 18:20:25
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qasd

木虫 (著名写手)


zxzj05(金币+1,VIP+0):3Q! 3-17 18:22
体系能量升高,不好控制,而降低则好控制的多
26楼2009-03-12 21:22:40
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