弄好了吗？

11楼2009-03-05 14:35:23

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Originally posted by Eileen7600 at 2009-3-4 11:50:
把Energy deviation 设置高些，不要使用默认的5000.比如设置成100000.

设置成100000会不会太太高了？记得导师说5000这个数就比较大了可以了这个值设置大了会不会误差就很大呢？

12楼2009-03-08 08:52:01

qasd

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zxzj05(金币+1,VIP+0):3ku 期待更多讨论！ 3-10 22:02

不高，但是一般来说改这个没什么大用

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13楼2009-03-08 11:00:07

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Originally posted by qasd at 2009-3-3 20:19:
能量太高，先最小化再动力学计算
construction时候下面那个不要打勾

对分子进行能量最小化动力学然后建盒子对这个分子进行了10好几次的最小化之后能量还是不停变小一般的分子需要这么多次的最小化么？

14楼2009-03-08 16:42:38

qasd

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wuli8(金币+1,VIP+0):(*^__^*)谢谢，讨论！ 3-8 19:34

不需要，除非你是用分子力学研究问题，那样必须要收敛才行
正常minimize到可以做动力学就可以了，要不然做动力学的时候能量也会升回来的

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15楼2009-03-08 17:33:24

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Originally posted by qasd at 2009-3-8 17:33:
不需要，除非你是用分子力学研究问题，那样必须要收敛才行
正常minimize到可以做动力学就可以了，要不然做动力学的时候能量也会升回来的

那一般需要做到两次最小化能量差为多少就差不多了呢？？能量差太大不是建不出盒子么

16楼2009-03-08 18:50:09

qasd

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zxzj05(金币+2,VIP+0):xiexie 期待多参与讨论！ 3-10 14:52

能量差多大都能建出来盒子
我说过，下面的那个不要打勾，打勾的话系统会做5000步的动力学，这个过程能量高的话就会报错的
而不打勾系统是做200步的minimize，200步显然不够的，自己再接着做minimize，然后就可以进入正式动力学步骤了

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17楼2009-03-08 21:47:26

justin7528

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弄好了吗？

你的那个盒子最后建好了吗？我也是，经常出问题。还是没弄好。

18楼2009-03-09 17:33:18

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Originally posted by justin7528 at 2009-3-9 17:33:
你的那个盒子最后建好了吗？我也是，经常出问题。还是没弄好。

恩弄好了版主是很厉害地

19楼2009-03-10 14:44:26

yncuiyan

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我的也弄好了，就找版主说的做。

20楼2009-03-10 16:29:14