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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » [求助]MS动力学模拟的问题
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金虫 (小有名气)
谢谢版主！！  你怎么什么都会！我怎么什么都不会。。。
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11楼2009-03-05 14:35:23
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金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by Eileen7600 at 2009-3-4 11:50:
把Energy deviation 设置高些，不要使用默认的5000.比如设置成100000.

设置成100000会不会太太高了？ 记得导师说5000这个数就比较大了  可以了 这个值设置大了会不会误差就很大呢？
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12楼2009-03-08 08:52:01
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qasd

木虫 (著名写手)
★
zxzj05(金币+1,VIP+0):3ku 期待更多讨论！ 3-10 22:02
不高，但是一般来说改这个没什么大用
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13楼2009-03-08 11:00:07
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金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by qasd at 2009-3-3 20:19:
能量太高，先最小化再动力学计算
construction时候下面那个不要打勾

对分子进行能量最小化 动力学  然后建盒子  对这个分子进行了10好几次的最小化之后  能量还是不停变小  一般的分子需要这么多次的最小化么？
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14楼2009-03-08 16:42:38
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qasd

木虫 (著名写手)
★
wuli8(金币+1,VIP+0):(*^__^*)谢谢，讨论！ 3-8 19:34
不需要，除非你是用分子力学研究问题，那样必须要收敛才行
正常minimize到可以做动力学就可以了，要不然做动力学的时候能量也会升回来的
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15楼2009-03-08 17:33:24
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金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by qasd at 2009-3-8 17:33:
不需要，除非你是用分子力学研究问题，那样必须要收敛才行
正常minimize到可以做动力学就可以了，要不然做动力学的时候能量也会升回来的

那一般需要做到两次最小化能量差为多少就差不多了呢？？能量差太大不是建不出盒子么
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16楼2009-03-08 18:50:09
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qasd

木虫 (著名写手)
★ ★
zxzj05(金币+2,VIP+0):xiexie 期待多参与讨论！ 3-10 14:52
能量差多大都能建出来盒子
我说过，下面的那个不要打勾，打勾的话系统会做5000步的动力学，这个过程能量高的话就会报错的
而不打勾系统是做200步的minimize，200步显然不够的，自己再接着做minimize，然后就可以进入正式动力学步骤了
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17楼2009-03-08 21:47:26
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justin7528

新虫 (初入文坛)

弄好了吗？

你的那个盒子最后建好了吗？我也是，经常出问题。还是没弄好。
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18楼2009-03-09 17:33:18
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金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by justin7528 at 2009-3-9 17:33:
你的那个盒子最后建好了吗？我也是，经常出问题。还是没弄好。

恩  弄好了 版主是很厉害地  
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19楼2009-03-10 14:44:26
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yncuiyan

木虫 (小有名气)
我的也弄好了，就找版主说的做。
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20楼2009-03-10 16:29:14
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