24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
查看: 1131  |  回复: 26
当前主题已经存档。
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

yncuiyan

木虫 (小有名气)

[交流] [求助]MS动力学模拟的问题

我在用amorphous cell模块构建了一个含1100个分子的盒子,可是结果出现错误,具体如下:

Error: Dynamics: Energy difference between successive steps in dynamics is greater than the user defined variable DEVIATION,  5000.000
    while executing
"dynamics  time = 100000 timestep = 1.0  initial_temperature = 298.00 +boltzmann  ensemble = NVT temperature_control_method = velocity_scaling  integra ..."
    ("while" body line 10)
    invoked from within
"while {[readFile archive frame = $iframe filename = $arcname] != ""} {
          echo "\n******************************"
          echo "Processing fr ..."

请问这个是什么问题?是由什么引起的,怎么样能够解决这个错误?

先谢谢各位

[ Last edited by yncuiyan on 2009-3-4 at 10:28 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

点点儿

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by qasd at 2009-3-8 17:33:
不需要,除非你是用分子力学研究问题,那样必须要收敛才行
正常minimize到可以做动力学就可以了,要不然做动力学的时候能量也会升回来的

那一般需要做到两次最小化能量差为多少就差不多了呢??能量差太大不是建不出盒子么
16楼2009-03-08 18:50:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 27 个回答

qasd

木虫 (著名写手)


wuli8(金币+1,VIP+0):(*^__^*) 3-5 09:27
能量太高,先最小化再动力学计算
construction时候下面那个不要打勾
2楼2009-03-03 20:19:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yncuiyan

木虫 (小有名气)

谢谢版主,我试一下,明天上来汇报
3楼2009-03-03 21:56:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yncuiyan

木虫 (小有名气)

再问问版主,一个离子为-1价,在MS里面应该定义成-e还是e?
4楼2009-03-04 09:03:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复(可上传附件)
信息提示
请填处理意见