24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 1213  |  回复: 26
当前主题已经存档。
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

yncuiyan

木虫 (小有名气)

[交流] [求助]MS动力学模拟的问题

我在用amorphous cell模块构建了一个含1100个分子的盒子,可是结果出现错误,具体如下:

Error: Dynamics: Energy difference between successive steps in dynamics is greater than the user defined variable DEVIATION,  5000.000
    while executing
"dynamics  time = 100000 timestep = 1.0  initial_temperature = 298.00 +boltzmann  ensemble = NVT temperature_control_method = velocity_scaling  integra ..."
    ("while" body line 10)
    invoked from within
"while {[readFile archive frame = $iframe filename = $arcname] != ""} {
          echo "\n******************************"
          echo "Processing fr ..."

请问这个是什么问题?是由什么引起的,怎么样能够解决这个错误?

先谢谢各位

[ Last edited by yncuiyan on 2009-3-4 at 10:28 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

点点儿

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by qasd at 2009-3-4 12:49:
是在construction的时候出现的这个问题?那么建议construction时下面那个选项不要打勾
如果是在动力学阶段出现这个问题,那么可以继续minimize,或者减小动力学步长

是在construction的时候出现的这个问题,您说的那个下面选项不要打钩是指refine configurations following construction么?

还有target density of the final configurations 这个密度通常怎么确定?

觉得自己什么都不会。。。麻烦版主了,谢谢
9楼2009-03-04 18:59:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 27 个回答

qasd

木虫 (著名写手)


wuli8(金币+1,VIP+0):(*^__^*) 3-5 09:27
能量太高,先最小化再动力学计算
construction时候下面那个不要打勾
2楼2009-03-03 20:19:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yncuiyan

木虫 (小有名气)

谢谢版主,我试一下,明天上来汇报
3楼2009-03-03 21:56:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yncuiyan

木虫 (小有名气)

再问问版主,一个离子为-1价,在MS里面应该定义成-e还是e?
4楼2009-03-04 09:03:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 化工学硕294分,求导师收留 +33 yzyzx 2026-04-12 37/1850 2026-04-17 23:00 by wunaiy88
[考博] 求博导|生物质基多孔碳/超级电容方向,已有相关成果,寻能源材料/碳材料方向老师 +3 猪猪人Zzz 2026-04-12 3/150 2026-04-17 19:10 by 阳阳阳^_^
[考研] 接受任何调剂 +4 也就是栗子 2026-04-17 4/200 2026-04-17 17:57 by Equinoxhua
[考研] 一志愿中科大材料与化工,353分还有调剂学校吗 +10 否极泰来2026 2026-04-15 12/600 2026-04-17 17:54 by mapenggao
[教师之家] 山东双非院校考核超级无底线,领导幸灾乐祸,教师遭殃恐 +4 qut2026 2026-04-11 8/400 2026-04-17 16:10 by 会飞的猪157
[考研] 0854求调剂 +21 门路摸摸 2026-04-15 25/1250 2026-04-17 15:45 by qzxyhcsy
[考研] 297,工科调剂? +4 河南农业大学-能 2026-04-14 4/200 2026-04-16 22:52 by wulijun2012
[考研] 300求调剂 +11 橙a777 2026-04-15 11/550 2026-04-16 22:43 by cfdbai
[考研] 材料相关专业344求调剂双非工科学校或课题组 +23 hualkop 2026-04-12 25/1250 2026-04-16 22:12 by SUSE_CL
[考研] 22408 312求调剂 +23 门路摸摸 2026-04-14 25/1250 2026-04-16 21:21 by Art1977
[基金申请] RY:中国产出的科学垃圾论文,绝对数量和比例都世界第一 +7 zju2000 2026-04-14 18/900 2026-04-16 11:36 by 欢乐颂叶蓁
[考研] 求调剂 +11 小聂爱学习 2026-04-11 15/750 2026-04-15 21:57 by noqvsozv
[考研] 085801电气专硕272求调剂 +19 电气李 2026-04-13 21/1050 2026-04-15 13:37 by 黑科技矿业
[考研] 各位老师好,求调剂,本科211,一志愿天津大学生物与医药学硕,差两名录取。 +11 路六六jjj 2026-04-13 11/550 2026-04-14 16:01 by zs92450
[考研] 085600材料与化工329分求调剂 +24 叶zilin 2026-04-13 25/1250 2026-04-14 09:20 by 试管破裂
[考研] 2026硕士调剂_能动_河南农业大学 +4 河南农业大学-能 2026-04-12 4/200 2026-04-13 22:01 by bljnqdcc
[考研] 290求调剂 +18 柯淮然 2026-04-12 20/1000 2026-04-13 12:56 by cyh—315
[考研] +10 李多米lee. 2026-04-12 11/550 2026-04-12 22:58 by yuyin1233
[考研] 346分,工科0854求调剂,专硕 +6 moser233 2026-04-12 7/350 2026-04-12 22:11 by fqwang
[考研] 求调剂,一志愿大连理工大学354分 +5 雨声余生 2026-04-11 6/300 2026-04-11 16:12 by 雨声余生
信息提示
请填处理意见