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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » autodock结束后，如何观察配体和受体相互作用
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yqx1985

木虫 (著名写手)

云中仙

[求助] autodock结束后，如何观察配体和受体相互作用 已有1人参与

大家好，用autodock对接结束后，如何观察配体和受体相互作用呢？类似于附件中的图片。

autodock结束后，如何观察配体和受体相互作用
图片1


autodock结束后，如何观察配体和受体相互作用-1
图片2
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人面不知何时去，桃花依旧笑春风
1楼 2017-12-09 23:53:21
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回帖置顶 ( 共有1个 )

yqx1985

木虫 (著名写手)

云中仙
yqx1985: 回帖置顶 2018-10-21 15:21:36
用Pymol查看AutoDock对接结果流程如下：
（1）在AutoDock中以此打开dlg文件和大分子文件
（2）运行play，通过依次观察每个配体构象与受体结合情况，确定感兴趣的配体构象后，选择write complex，这样会弹出另存为pdbqt文件的对话框，另存后则把此配体构像在受体中的位置，及受体共同保存了下来。注意如果选择write current，则保存的只是小分子构像。
（3）此时生成的pbdqt文件，即可用Pymol打开分析。也可将pdbqt文件在AutoDock中保存为pdb文件，再用Pymol分析。
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人面不知何时去，桃花依旧笑春风
13楼2018-10-21 15:21:11
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singlestarss

银虫 (正式写手)
换软件吧？一般用pymol

发自小木虫IOS客户端
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2楼2017-12-10 05:47:26
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baibaidage

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

Chimera, VMD, Schrodinger-Maestro, pyMol...
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There_are_10_kinds_of_people:_those_who_speak_binary,_or_not.
8楼2017-12-15 04:01:58
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普通回帖

longdlut

捐助贵宾 (著名写手)
你出的图片是pymol作图，autodock出图看show interaction

发自小木虫Android客户端
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3楼2017-12-10 06:18:56
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yqx1985

木虫 (著名写手)

云中仙
引用回帖:
2楼: Originally posted by singlestarss at 2017-12-10 05:47:26
换软件吧？一般用pymol

你好，我现在已经获得了dlg文件，按照网上的介绍的方法并未获得配体和受体的作用图，请问你能帮忙提供详细的方法么？
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人面不知何时去，桃花依旧笑春风
4楼2017-12-10 10:29:22
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yqx1985

木虫 (著名写手)

云中仙
引用回帖:
3楼: Originally posted by longdlut at 2017-12-10 06:18:56
你出的图片是pymol作图，autodock出图看show interaction

你好，我用show interaction没看到对接的图像，是否还有做别的处理才能看到呢？
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人面不知何时去，桃花依旧笑春风
5楼2017-12-10 10:30:17
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18370993420
感谢分享

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6楼2017-12-10 11:18:46
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longdlut

捐助贵宾 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by yqx1985 at 2017-12-10 10:30:17
你好，我用show interaction没看到对接的图像，是否还有做别的处理才能看到呢？...

打开dlg打开蛋白pdbqt，就可以显示

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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

yqx1985 yqx1985
7楼2017-12-11 10:01:11
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nanxiaohui

新虫 (初入文坛)
你好，请问你解决了这个问题吗？我也想知道如何看具体的结合模式

发自小木虫IOS客户端
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9楼2017-12-26 10:56:32
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郑雨凡

新虫 (正式写手)
加油

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10楼2018-02-25 22:13:50
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