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yqx1985木虫 (著名写手)
云中仙
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autodock结束后，如何观察配体和受体相互作用 已有1人参与
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大家好，用autodock对接结束后，如何观察配体和受体相互作用呢？类似于附件中的图片。 图片1  图片2 |
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yqx1985: 回帖置顶 2018-10-21 15:21:36
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用Pymol查看AutoDock对接结果流程如下： （1）在AutoDock中以此打开dlg文件和大分子文件 （2）运行play，通过依次观察每个配体构象与受体结合情况，确定感兴趣的配体构象后，选择write complex，这样会弹出另存为pdbqt文件的对话框，另存后则把此配体构像在受体中的位置，及受体共同保存了下来。注意如果选择write current，则保存的只是小分子构像。 （3）此时生成的pbdqt文件，即可用Pymol打开分析。也可将pdbqt文件在AutoDock中保存为pdb文件，再用Pymol分析。 |
13楼2018-10-21 15:21:11
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