| 查看: 3913 | 回复: 12 | ||
yqx1985木虫 (著名写手)
云中仙
|
[求助]
autodock结束后，如何观察配体和受体相互作用 已有1人参与
|
|
大家好，用autodock对接结束后，如何观察配体和受体相互作用呢？类似于附件中的图片。 图片1  图片2 |
回复此楼» 猜你喜欢
售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急
已经有5人回复
-
售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有7人回复
-
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急
已经有6人回复
-
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急
已经有7人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有8人回复
-
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急
已经有10人回复
-
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急
已经有9人回复
-
厉娜
已经有6人回复
-
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急
已经有10人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有8人回复
yqx1985
木虫 (著名写手)
云中仙
- 应助: 34 (小学生)
- 贵宾: 0.032
- 金币: 1593.8
- 散金: 1267
- 红花: 33
- 帖子: 1547
- 在线: 620.7小时
- 虫号: 550008
- 注册: 2008-04-22
- 性别: GG
- 专业: 药物设计与药物信息
yqx1985: 回帖置顶 2018-10-21 15:21:36
|
用Pymol查看AutoDock对接结果流程如下： （1）在AutoDock中以此打开dlg文件和大分子文件 （2）运行play，通过依次观察每个配体构象与受体结合情况，确定感兴趣的配体构象后，选择write complex，这样会弹出另存为pdbqt文件的对话框，另存后则把此配体构像在受体中的位置，及受体共同保存了下来。注意如果选择write current，则保存的只是小分子构像。 （3）此时生成的pbdqt文件，即可用Pymol打开分析。也可将pdbqt文件在AutoDock中保存为pdb文件，再用Pymol分析。 |
13楼2018-10-21 15:21:11
singlestarss
银虫 (正式写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 3275.6
- 散金: 543
- 红花: 7
- 帖子: 317
- 在线: 110.7小时
- 虫号: 990950
- 注册: 2010-04-07
- 性别: GG
- 专业: 天然有机化学
2楼2017-12-10 05:47:26
baibaidage
新虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 370.5
- 红花: 2
- 帖子: 52
- 在线: 22.4小时
- 虫号: 5389154
- 注册: 2016-12-23
- 性别: GG
- 专业: 药物设计与药物信息
8楼2017-12-15 04:01:58
3楼2017-12-10 06:18:56
yqx1985
木虫 (著名写手)
云中仙
- 应助: 34 (小学生)
- 贵宾: 0.032
- 金币: 1593.8
- 散金: 1267
- 红花: 33
- 帖子: 1547
- 在线: 620.7小时
- 虫号: 550008
- 注册: 2008-04-22
- 性别: GG
- 专业: 药物设计与药物信息
4楼2017-12-10 10:29:22
yqx1985
木虫 (著名写手)
云中仙
- 应助: 34 (小学生)
- 贵宾: 0.032
- 金币: 1593.8
- 散金: 1267
- 红花: 33
- 帖子: 1547
- 在线: 620.7小时
- 虫号: 550008
- 注册: 2008-04-22
- 性别: GG
- 专业: 药物设计与药物信息
5楼2017-12-10 10:30:17
|
感谢分享 发自小木虫Android客户端 |
6楼2017-12-10 11:18:46
yqx19857楼2017-12-11 10:01:11
9楼2017-12-26 10:56:32
10楼2018-02-25 22:13:50
10