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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » autodock结束后，如何观察配体和受体相互作用
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yqx1985

木虫 (著名写手)

云中仙
送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by longdlut at 2017-12-11 10:01:11
打开dlg打开蛋白pdbqt，就可以显示
...

谢谢，我试试
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人面不知何时去，桃花依旧笑春风
11楼2018-06-24 14:12:01
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yqx1985

木虫 (著名写手)

云中仙
送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by longdlut at 2017-12-11 10:01:11
打开dlg打开蛋白pdbqt，就可以显示
...

谢谢，我试试
回复此楼
人面不知何时去，桃花依旧笑春风
12楼2018-06-24 14:12:21
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yqx1985

木虫 (著名写手)

云中仙
yqx1985: 回帖置顶 2018-10-21 15:21:36
用Pymol查看AutoDock对接结果流程如下：
（1）在AutoDock中以此打开dlg文件和大分子文件
（2）运行play，通过依次观察每个配体构象与受体结合情况，确定感兴趣的配体构象后，选择write complex，这样会弹出另存为pdbqt文件的对话框，另存后则把此配体构像在受体中的位置，及受体共同保存了下来。注意如果选择write current，则保存的只是小分子构像。
（3）此时生成的pbdqt文件，即可用Pymol打开分析。也可将pdbqt文件在AutoDock中保存为pdb文件，再用Pymol分析。
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人面不知何时去，桃花依旧笑春风
13楼2018-10-21 15:21:11
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