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yqx1985

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[求助] autodock结束后，如何观察配体和受体相互作用已有1人参与

大家好，用autodock对接结束后，如何观察配体和受体相互作用呢？类似于附件中的图片。

图片1

图片2

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1楼2017-12-09 23:53:21

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yqx1985: 回帖置顶 2018-10-21 15:21:36

用Pymol查看AutoDock对接结果流程如下：
（1）在AutoDock中以此打开dlg文件和大分子文件
（2）运行play，通过依次观察每个配体构象与受体结合情况，确定感兴趣的配体构象后，选择write complex，这样会弹出另存为pdbqt文件的对话框，另存后则把此配体构像在受体中的位置，及受体共同保存了下来。注意如果选择write current，则保存的只是小分子构像。
（3）此时生成的pbdqt文件，即可用Pymol打开分析。也可将pdbqt文件在AutoDock中保存为pdb文件，再用Pymol分析。