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yuevis

铜虫 (小有名气)

[求助] PCR出不来目的条带

我想overlap pcr把上下同源臂和目的基因连在一起,从基提取的细菌基因组上扩增上下同源臂,没有目的条带,有很多比目的条带小或者接近的杂带,请问这是怎么回事啊,很急啊,我的引物是这样的
F1:AACTTGTGACGGAGGCG
R1:CTGACGTATAGATGACATAAGCCAGATCTGTCGCTTCGGTGC
F2:GCTTGCGAGAGGTTACCTGAACCGGCCGGAGCTGAC
R2:TTCCAGCGGAGTCCGA
重叠区25bp左右,primer给的Tm是52和54左右,合成单上是54和56度左右,我试了退火温度48,50,52,54,56效果都不好,杂带很多,目的条带有的没有,有的很淡。我之前想的是就算特异性不好,之后胶收就行了,现在是连条带都没有,用的是fastpfu酶,做的10微升体系。求教各位啊!

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wareer

铜虫 (小有名气)

体系也太小了吧,至少50微升。再者,你的酶也不太好。

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2楼2017-11-30 06:33:35
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yuevis

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wareer at 2017-11-30 06:33:35
体系也太小了吧,至少50微升。再者,你的酶也不太好。

刚开始做,很多不懂,我想的是那10微升试条件的,体系会有很大影响吗?还有出现很多杂带是不是说明提取的基因组和体系是没问题的?一般用什么酶?实验室只有fastpfu酶

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3楼2017-11-30 07:05:56
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wareer

铜虫 (小有名气)

你这应该是要做载体的吧?用高保真的酶,引物设计可以用http://www.clontech.com/上面的infusion工具设计,我试过不错的。

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4楼2017-11-30 12:28:48
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小洁癖0802

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
1楼: Originally posted by yuevis at 2017-11-29 23:16:40
我想overlap pcr把上下同源臂和目的基因连在一起,从基提取的细菌基因组上扩增上下同源臂,没有目的条带,有很多比目的条带小或者接近的杂带,请问这是怎么回事啊,很急啊,我的引物是这样的
F1:AACTTGTGACGGAGGCG
...

感觉是引物设计有问题,体系影响不大。是在做巢式PCR?所谓重叠区域25bp是两轮的差值?

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5楼2017-12-02 16:29:20
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yuevis

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 小洁癖0802 at 2017-12-02 16:29:20
感觉是引物设计有问题,体系影响不大。是在做巢式PCR?所谓重叠区域25bp是两轮的差值?
...

不是巢式pcr,是overlap

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6楼2017-12-02 18:37:56
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