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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 软件使用与操作 » 如何用Amber14做含有金属离子的蛋白的动力学模拟？
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宇文罂釉

铁虫 (初入文坛)

[求助] 如何用Amber14做含有金属离子的蛋白的动力学模拟？

如题，我的蛋白里面有两个锰离子，不知道该如何加离子参数，所以，一直跑不起来。请教大家，如何将离子参数加入进去？

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1楼 2017-11-16 16:33:20
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谭德敏

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
1楼: Originally posted by 宇文罂釉 at 2017-11-16 16:33:20
如题，我的蛋白里面有两个锰离子，不知道该如何加离子参数，所以，一直跑不起来。请教大家，如何将离子参数加入进去？

你好，你有关于zn的参数文件吗

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8楼2018-10-08 16:39:18
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宇文罂釉

铁虫 (初入文坛)
顶一顶

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2楼2017-11-17 15:10:16
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lpxmclt

新虫 (小有名气)
Mn的参数在某个网站可以下到，下载并用tleap加载就行。amber官网也有几个包含金属离子体系的教程，你去看下吧，不算太复杂。

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3楼2017-11-17 18:44:32
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mgfudan

铁杆木虫 (著名写手)

mgfudan
请给他一个amber官网的网址。

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mgfudan
4楼2017-11-18 05:56:43
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