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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 软件使用与操作 » 如何用Amber14做含有金属离子的蛋白的动力学模拟？
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宇文罂釉

铁虫 (初入文坛)

[求助] 如何用Amber14做含有金属离子的蛋白的动力学模拟？

如题，我的蛋白里面有两个锰离子，不知道该如何加离子参数，所以，一直跑不起来。请教大家，如何将离子参数加入进去？

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1楼 2017-11-16 16:33:20
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宇文罂釉

铁虫 (初入文坛)
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2楼2017-11-17 15:10:16
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lpxmclt

新虫 (小有名气)
Mn的参数在某个网站可以下到，下载并用tleap加载就行。amber官网也有几个包含金属离子体系的教程，你去看下吧，不算太复杂。

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3楼2017-11-17 18:44:32
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mgfudan

铁杆木虫 (著名写手)

mgfudan
请给他一个amber官网的网址。

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mgfudan
4楼2017-11-18 05:56:43
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fengrui826

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by lpxmclt at 2017-11-17 18:44:32
Mn的参数在某个网站可以下到，下载并用tleap加载就行。amber官网也有几个包含金属离子体系的教程，你去看下吧，不算太复杂。

您好，您方便提供可以下到Mn的参数的网址吗？要做金属蛋白的动力学模拟，可是在Amber官网上只找到了Zn的参数。急求Mn的参数？万分感谢！
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5楼2018-03-07 19:22:47
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lpxmclt

新虫 (小有名气)
http://research.bmh.manchester.ac.uk/bryce/amber   注意自己修改下pdb中原子名残基名

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6楼2018-03-07 22:28:20
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fengrui826

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by lpxmclt at 2018-03-07 22:28:20
http://research.bmh.manchester.ac.uk/bryce/amber   注意自己修改下pdb中原子名残基名

谢谢您！
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7楼2018-03-08 17:28:39
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谭德敏

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
1楼: Originally posted by 宇文罂釉 at 2017-11-16 16:33:20
如题，我的蛋白里面有两个锰离子，不知道该如何加离子参数，所以，一直跑不起来。请教大家，如何将离子参数加入进去？

你好，你有关于zn的参数文件吗

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8楼2018-10-08 16:39:18
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