24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 2545  |  回复: 7

宇文罂釉

铁虫 (初入文坛)

[求助] 如何用Amber14做含有金属离子的蛋白的动力学模拟?

如题,我的蛋白里面有两个锰离子,不知道该如何加离子参数,所以,一直跑不起来。请教大家,如何将离子参数加入进去?

发自小木虫Android客户端
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

宇文罂釉

铁虫 (初入文坛)

2楼2017-11-17 15:10:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lpxmclt

新虫 (小有名气)

Mn的参数在某个网站可以下到,下载并用tleap加载就行。amber官网也有几个包含金属离子体系的教程,你去看下吧,不算太复杂。

发自小木虫Android客户端
3楼2017-11-17 18:44:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mgfudan

铁杆木虫 (著名写手)

mgfudan

请给他一个amber官网的网址。

发自小木虫Android客户端
mgfudan
4楼2017-11-18 05:56:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fengrui826

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by lpxmclt at 2017-11-17 18:44:32
Mn的参数在某个网站可以下到,下载并用tleap加载就行。amber官网也有几个包含金属离子体系的教程,你去看下吧,不算太复杂。

您好,您方便提供可以下到Mn的参数的网址吗?要做金属蛋白的动力学模拟,可是在Amber官网上只找到了Zn的参数。急求Mn的参数?万分感谢!
5楼2018-03-07 19:22:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lpxmclt

新虫 (小有名气)

6楼2018-03-07 22:28:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fengrui826

新虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by lpxmclt at 2018-03-07 22:28:20
http://research.bmh.manchester.ac.uk/bryce/amber   注意自己修改下pdb中原子名残基名

谢谢您!
7楼2018-03-08 17:28:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

谭德敏

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
1楼: Originally posted by 宇文罂釉 at 2017-11-16 16:33:20
如题,我的蛋白里面有两个锰离子,不知道该如何加离子参数,所以,一直跑不起来。请教大家,如何将离子参数加入进去?

你好,你有关于zn的参数文件吗

发自小木虫Android客户端
8楼2018-10-08 16:39:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 宇文罂釉 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 260求调剂 +4 Zyt1314520.. 2026-04-17 5/250 2026-04-18 08:28 by babysonlkd
[考研] 一志愿华中农业071010,320求调剂 +17 困困困困坤坤 2026-04-14 19/950 2026-04-17 20:08 by 关一盏灯cd
[考研] 接受任何调剂 +4 也就是栗子 2026-04-17 4/200 2026-04-17 17:57 by Equinoxhua
[考研] 295分求调剂 +5 ?要上岸? 2026-04-17 5/250 2026-04-17 16:51 by fenglj492
[教师之家] 山东双非院校考核超级无底线,领导幸灾乐祸,教师遭殃恐 +4 qut2026 2026-04-11 8/400 2026-04-17 16:10 by 会飞的猪157
[考研] 一志愿沪9,生物学326求调剂 +9 刘墨墨 2026-04-15 9/450 2026-04-16 17:14 by 崔崔崔cccc
[考研] 322求调剂 +8 123安康 2026-04-12 15/750 2026-04-16 11:07 by Espannnnnol
[考研] 327求调剂 +26 Xxjc1107. 2026-04-13 29/1450 2026-04-16 10:52 by Espannnnnol
[考研] 一志愿A区211,22408 321求调剂 +6 随心所欲☆ 2026-04-15 7/350 2026-04-15 21:45 by lbsjt
[考研] 0854调剂 +13 长弓傲 2026-04-12 16/800 2026-04-15 13:45 by fenglj492
[考研] 求调剂 +12 何气正 2026-04-13 13/650 2026-04-14 14:47 by zs92450
[考研] 考研调剂 +13 长弓傲 2026-04-13 14/700 2026-04-14 14:44 by zs92450
[考研] 085600材料与化工349分求调剂 +16 李木子啊哈哈 2026-04-12 17/850 2026-04-14 09:11 by fenglj492
[考研] 考研英一数一338分 +9 长江大学东校区 2026-04-13 10/500 2026-04-14 00:41 by 王珺璞
[考研] 求调剂,985材料与化工348分 +9 涵竹刘 2026-04-11 14/700 2026-04-13 22:26 by 涵竹刘
[考研] 302求调剂 +10 易!? 2026-04-13 10/500 2026-04-13 19:04 by lbsjt
[考研] 0854调剂 +10 长弓傲 2026-04-11 11/550 2026-04-13 10:38 by wp06
[考研] 346分,工科0854求调剂,专硕 +6 moser233 2026-04-12 7/350 2026-04-12 22:11 by fqwang
[考研] 调剂结束 +6 floriea 2026-04-12 8/400 2026-04-12 18:13 by zhouxiaoyu
[考研] 291求调剂 +8 关忆北. 2026-04-11 8/400 2026-04-12 09:32 by 逆水乘风
信息提示
请填处理意见