应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 软件使用与操作 » 如何用Amber14做含有金属离子的蛋白的动力学模拟？
81/1返回列表
查看: 2701  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

宇文罂釉

铁虫 (初入文坛)

[求助] 如何用Amber14做含有金属离子的蛋白的动力学模拟？

如题，我的蛋白里面有两个锰离子，不知道该如何加离子参数，所以，一直跑不起来。请教大家，如何将离子参数加入进去？

发自小木虫Android客户端
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2017-11-16 16:33:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

宇文罂釉

铁虫 (初入文坛)
顶一顶

发自小木虫Android客户端
回复此楼
2楼2017-11-17 15:10:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lpxmclt

新虫 (小有名气)
Mn的参数在某个网站可以下到，下载并用tleap加载就行。amber官网也有几个包含金属离子体系的教程，你去看下吧，不算太复杂。

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
3楼2017-11-17 18:44:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mgfudan

铁杆木虫 (著名写手)

mgfudan
请给他一个amber官网的网址。

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
mgfudan
4楼2017-11-18 05:56:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fengrui826

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by lpxmclt at 2017-11-17 18:44:32
Mn的参数在某个网站可以下到，下载并用tleap加载就行。amber官网也有几个包含金属离子体系的教程，你去看下吧，不算太复杂。

您好，您方便提供可以下到Mn的参数的网址吗？要做金属蛋白的动力学模拟，可是在Amber官网上只找到了Zn的参数。急求Mn的参数？万分感谢！
赞一下 回复此楼
5楼2018-03-07 19:22:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lpxmclt

新虫 (小有名气)
http://research.bmh.manchester.ac.uk/bryce/amber   注意自己修改下pdb中原子名残基名

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
6楼2018-03-07 22:28:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fengrui826

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by lpxmclt at 2018-03-07 22:28:20
http://research.bmh.manchester.ac.uk/bryce/amber   注意自己修改下pdb中原子名残基名

谢谢您！
回复此楼
7楼2018-03-08 17:28:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

谭德敏

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
1楼: Originally posted by 宇文罂釉 at 2017-11-16 16:33:20
如题，我的蛋白里面有两个锰离子，不知道该如何加离子参数，所以，一直跑不起来。请教大家，如何将离子参数加入进去？

你好，你有关于zn的参数文件吗

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
8楼2018-10-08 16:39:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 宇文罂釉 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 hKe7U1kad5Sg 2026-10-31 9/450 2026-11-02 03:24 by xzcv0Tehd8lQ
[基金申请] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 16/800 2026-11-02 02:58 by xzcv0Tehd8lQ
[博后之家] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 17/850 2026-11-02 02:45 by xzcv0Tehd8lQ
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 16/800 2026-11-02 02:45 by xzcv0Tehd8lQ
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 hKe7U1kad5Sg 2026-10-31 3/150 2026-11-02 01:00 by xzcv0Tehd8lQ
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 hKe7U1kad5Sg 2026-10-31 5/250 2026-11-01 22:24 by xzcv0Tehd8lQ
[考博] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 hKe7U1kad5Sg 2026-10-31 6/300 2026-11-01 22:11 by xzcv0Tehd8lQ
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 xvJS1BYDxvBS 2026-10-31 7/350 2026-11-01 22:05 by xzcv0Tehd8lQ
[考博] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 7/350 2026-11-01 21:45 by xzcv0Tehd8lQ
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 8/400 2026-11-01 21:35 by xzcv0Tehd8lQ
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 11/550 2026-11-01 21:35 by xzcv0Tehd8lQ
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +5 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 17/850 2026-11-01 21:26 by xzcv0Tehd8lQ
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 hKe7U1kad5Sg 2026-10-31 6/300 2026-11-01 19:50 by xzcv0Tehd8lQ
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 15/750 2026-11-01 16:52 by BCdvBAEpt3zm
[硕博家园] 越来越担心硕士毕业后没有竞争力了 +9 zuesli 2026-10-27 15/750 2026-11-01 12:59 by Equinoxhua
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 xvJS1BYDxvBS 2026-10-31 3/150 2026-11-01 12:53 by BCdvBAEpt3zm
[硕博家园] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 13/650 2026-11-01 12:14 by BCdvBAEpt3zm
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 X5bHxOULxFqb 2026-10-30 18/900 2026-11-01 12:11 by BCdvBAEpt3zm
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 hKe7U1kad5Sg 2026-10-31 5/250 2026-11-01 11:14 by BCdvBAEpt3zm
[论文投稿] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 8/400 2026-11-01 03:59 by YXM1FDCSE8Bn
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭