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无敌是最寂寞

新虫 (小有名气)


已领完
用MAPS里的lammps模块计算密度和溶解度参数
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先建了一个无定形态的聚合物900个原子,计算密度和溶解度参数时,说明书是这样的:先在建模的力场(dreiding)下结构优化,然后改变力场为dreidingx6再次结构优化。然后又在nvt系综下跑了一下,最后在npt系综下跑。
想问的是:为什么要先在nvt下跑又在npt下跑,这样做能达到什么效果?跪求大神!谢谢

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琳达的情人

金虫 (小有名气)


12楼2017-11-16 17:46:19
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moueor

金虫 (小有名气)



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1,结构优化后模型中消除了某些原子之间过于相近,跑后面的动力学时胞炸开的问题;
2,NVT计算通常在高温下进行(即相当于熔融状态),使高分子体系充分混合驰豫,消除建模时的不合理(非物理)结构;
3,NPT计算是真正的计算高分子体系密度的过程。
如果不经过NVT计算直接NPT计算可能会出现,密度收敛非常缓慢或整个系统陷于某个亚稳态,无法得到真实的密度。
即得到的结果严重依赖开始建模时的构型。
如果更细致的高分子体系的密度和溶解度参数计算,可以考虑增加多个不同初始结构,进行上述一系列操作。
最后再平均。
13楼2018-02-05 10:33:35
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ykxyer9楼
2017-11-16 16:41   回复  
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aulsm5楼
2017-11-16 16:20   回复  
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hudy20118楼
2017-11-16 16:36   回复  
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lxh041011楼
2017-11-16 16:45   回复  
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322142555010楼
2017-11-16 16:42   回复  
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klc2楼
2017-11-16 16:13   回复  
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2017-11-16 16:26   回复  
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4182362857楼
2017-11-16 16:29   回复  
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