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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 软件使用与操作 » 用MAPS里的lammps模块计算密度和溶解度参数
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无敌是最寂寞

新虫 (小有名气)
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用MAPS里的lammps模块计算密度和溶解度参数
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先建了一个无定形态的聚合物900个原子，计算密度和溶解度参数时，说明书是这样的：先在建模的力场（dreiding）下结构优化，然后改变力场为dreidingx6再次结构优化。然后又在nvt系综下跑了一下，最后在npt系综下跑。
想问的是：为什么要先在nvt下跑又在npt下跑，这样做能达到什么效果？跪求大神！谢谢

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1楼 2017-11-16 16:12:32
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moueor

金虫 (小有名气)
★
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1，结构优化后模型中消除了某些原子之间过于相近，跑后面的动力学时胞炸开的问题；
2，NVT计算通常在高温下进行（即相当于熔融状态），使高分子体系充分混合驰豫，消除建模时的不合理（非物理）结构；
3，NPT计算是真正的计算高分子体系密度的过程。
如果不经过NVT计算直接NPT计算可能会出现，密度收敛非常缓慢或整个系统陷于某个亚稳态，无法得到真实的密度。
即得到的结果严重依赖开始建模时的构型。
如果更细致的高分子体系的密度和溶解度参数计算，可以考虑增加多个不同初始结构，进行上述一系列操作。
最后再平均。
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13楼2018-02-05 10:33:35
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琳达的情人

金虫 (小有名气)
平衡需要

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12楼2017-11-16 17:46:19
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ykxyer9楼
2017-11-16 16:41   回复  
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aulsm5楼
2017-11-16 16:20   回复  
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hudy20118楼
2017-11-16 16:36   回复  
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lxh041011楼
2017-11-16 16:45   回复  
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322142555010楼
2017-11-16 16:42   回复  
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klc2楼
2017-11-16 16:13   回复  
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wedoforyou6楼
2017-11-16 16:26   回复  
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4182362857楼
2017-11-16 16:29   回复  
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翻译润色论文3楼
2017-11-16 16:15   回复  
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翻译与润色4楼
2017-11-16 16:15   回复  
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