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muchong5577

金虫 (正式写手)

[交流] 引物快到了,PCR用什么酶比较好?

请问大家,从放线菌基因组扩增几条800bp到1200bp、GC含量为70-75%的片段,用什么酶比较好?
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)


lwf991229(金币+1,VIP+0):辛苦~ 2-23 21:46
这个GC比有点高
如果你不愿意用比较贵的酶,那么可以用Promega的GoTaq配合添加DMSO来做,这个是入门级的方法,当然比较折腾。或许可以试试看不加DMSO,然后把变性提高到95℃,1min试试
还有一些扩增能力比较强的酶,一般不用DMSO,如Invitrogen的白金Taq,这个会稍微贵一点
另外也有一些日系的产品会有很多针对性的酶,比如KOD FX,广告是卖得挺好的,不知道实际如何,这个不算太贵
不推荐使用Takara的酶,保证折腾死你……

如果不愁经费,那么用扩增能力强的酶,一次过做出来,不折腾
如果那个啥的话,经典的方法就是添加DMSO了,具体浓度需要自己摸
一般从2%加到15%左右,以1%为梯度摸
2楼2009-02-23 17:04:00
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muchong5577

金虫 (正式写手)

嗯  谢谢啦
3楼2009-02-23 17:12:34
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chemifunan

木虫 (正式写手)

海王小木虫


lwf991229(金币+1,VIP+0):欢迎常来`~ 2-23 21:46
放线菌DNA通常GC在70左右 第三位GC可达90 我没有看你的引物 一般比大肠的短几个就可以了
酶没有要求 普通Taq就可以 你是湖师的 我知道你是哪个组的了 哈哈
如果需要高保真 用PRimer 不过这个酶程序和普通Taq不一样 退火10s钟就行
Bemühen Sie !
4楼2009-02-23 18:50:34
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chemifunan

木虫 (正式写手)

海王小木虫

哦 一定要添加8-10%的DMSO 保证高GC模板变性时单链稳定 甘油也可以 不过我没试过 我一般就用DMSO
Bemühen Sie !
5楼2009-02-23 18:52:22
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muchong5577

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by muchong5577 at 2009-2-23 17:12:
嗯  谢谢啦

你怎么知道我?
普通Taq+DMSO我去年做过,加DMSO的 ,你能否给我一个反应体系。
6楼2009-02-23 19:23:56
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muchong5577

金虫 (正式写手)

Quote里的内容错啦
7楼2009-02-23 19:24:58
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sutao1979

木虫 (著名写手)

小木虫10年groupleader

可以先用扩增长序列的taq酶看看结果怎么样?如果因为gc含量高的话而结果不理想,再用DMSO一般不要超过10%不然特异性还是会降低的
会当凌绝顶,一览众山小
8楼2009-02-23 20:09:13
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chemifunan

木虫 (正式写手)

海王小木虫


lwf991229(金币+1,VIP+0):辛苦~ 2-25 13:25
10* Taqbuffer(Mg++ contained) 2.5uL
DMSO 2uL
dNTP(买来的浓度 我忘了 不要加多了) 2uL
模板 0.5uL或者更少
引物 1uL
Taq 1uL 最后加
水 up to 25uL
我一般25uL P 发现和50 100一样 还省东西 很好

引物的处理: 你一般合成几个OD 1-2个足够 送来的先12000rpm离两分钟 然后加水溶比如35.5nmol 就加355uL水或TE 我一般用水 灭了分装冻-80没事的 然后溶了的Stock Solution冻-80 取一点稀释10倍 这样就是100mM稀释到10mM 这个浓度的在25或50ul体系中加入1uL
引物别加太多了 没用的 反而p不出来 你是Streptomyces? 这个链霉菌就是这样 其他的Actenomyces也差不多
测序可能会有些问题 你在测序单上注明 高GC 70左右 他们会处理的
Bemühen Sie !
9楼2009-02-25 12:06:43
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小猫三两只

金虫 (正式写手)

东洋坊的KOD 和Blend Taq都不错的
10楼2009-02-25 12:25:43
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