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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】用gromacs做模拟，pr(位置限制性模拟）是必须的吗？
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)

[交流] 【求助】用gromacs做模拟，pr(位置限制性模拟）是必须的吗？

请教各位虫虫：
      用gromacs做模拟，pr(位置限制性模拟）是必须的吗？
      一般都是先做em的，做完em之后直接做md（不限制bond）可以吗？还是需要先做下pr的？

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-13 at 21:41 ]
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Anewday,anewhour,anewminute,anewpeople.
1楼 2009-02-20 22:18:32
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armeria

铁虫 (初入文坛)
★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 5-10 21:12
在能量最小化之后和不受限的自由模拟之前，进行限制蛋白质位置的模拟是为了让溶剂分子达到热平衡，可以避免出现溶剂分子分布不均的问题，为后面的不受限的自由模拟做好准备。
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6楼2009-05-09 14:08:48
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
嗯，顶你一下，我也有同样的问题，这个pr模拟的目的到底是什么呢？
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
2楼2009-02-20 23:01:41
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nkyx

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 3-24 09:25
做MD，一般都要做你所说的pr.
这是为了保证优化或者升温，MD的时候，不至于结构变化太大。
在EM，heating,MD的时候最好都先限制一下。
position restraint和你说的限制键长的constraint意思不一样。
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3楼2009-03-23 09:27:52
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by nkyx at 2009-3-23 09:27:
做MD，一般都要做你所说的pr.
这是为了保证优化或者升温，MD的时候，不至于结构变化太大。
在EM，heating,MD的时候最好都先限制一下。
position restraint和你说的限制键长的constraint意思不一样。

可是gromacs里面做pr的时候就是写的bond-constraint啊 。。我现在比较晕了，既然bond都限制了，那force field里还要bond干啥啊 。。。
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4楼2009-03-24 00:15:29
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