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qzhaosdu金虫 (著名写手)
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[交流]
【求助】用gromacs做模拟，pr(位置限制性模拟）是必须的吗？
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请教各位虫虫： 用gromacs做模拟，pr(位置限制性模拟）是必须的吗？ 一般都是先做em的，做完em之后直接做md（不限制bond）可以吗？还是需要先做下pr的？ [ Last edited by lei0736 on 2009-11-13 at 21:41 ] |
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 MDs-Gromacs |
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lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 3-26 08:52
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 3-26 08:52
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PR不是必需的，加上它是有目的的： Used to restrain particles / atom at a fixed reference position. Reasons for using position restraints: * avoid too drastic rearrangement of critical parts e.g. restrain protein during equilibration of added solvent. * isolation of a region being studied in detail, using a restrained shell of particles, from region outside it which lacks proper interactions due to missing particles (not implimented in GROMACS). |
5楼2009-03-24 22:56:52
6楼2009-05-09 14:08:48