| 查看: 1122 | 回复: 5 | ||||
| 当前主题已经存档。 | ||||
qzhaosdu金虫 (著名写手)
|
[交流]
【求助】用gromacs做模拟，pr(位置限制性模拟）是必须的吗？
|
|||
|
请教各位虫虫： 用gromacs做模拟，pr(位置限制性模拟）是必须的吗？ 一般都是先做em的，做完em之后直接做md（不限制bond）可以吗？还是需要先做下pr的？ [ Last edited by lei0736 on 2009-11-13 at 21:41 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 MDs-Gromacs |
» 猜你喜欢
国自科面上基金字体
已经有7人回复
-
药学383 求调剂
已经有4人回复
-
286求调剂
已经有5人回复
-
085601求调剂
已经有3人回复
-
302求调剂
已经有5人回复
-
考研化学学硕调剂，一志愿985
已经有5人回复
-
328求调剂，英语六级551，有科研经历
已经有4人回复
-
机械专硕325，寻找调剂院校
已经有5人回复
-
材料专硕306英一数二
已经有6人回复
-
伙伴们，祝我生日快乐吧
已经有26人回复
gwdavid
木虫 (著名写手)
小木虫散兵坑坑长
- 应助: 0 (幼儿园)
- 贵宾: 0.522
- 金币: 4097.7
- 散金: 1548
- 红花: 57
- 帖子: 1768
- 在线: 151.2小时
- 虫号: 514002
- 注册: 2008-02-28
- 性别: GG
- 专业: 生化分析及生物传感
2楼2009-02-20 23:01:41
nkyx
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 6 (幼儿园)
- 金币: 9431.2
- 散金: 12
- 红花: 4
- 帖子: 644
- 在线: 2271.7小时
- 虫号: 321349
- 注册: 2007-03-10
- 专业: 药物设计与药物信息
3楼2009-03-23 09:27:52
qzhaosdu
金虫 (著名写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1401.6
- 散金: 2052
- 红花: 7
- 帖子: 1969
- 在线: 263.5小时
- 虫号: 493351
- 注册: 2008-01-10
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 量子化学
4楼2009-03-24 00:15:29
xuefei06
木虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 贵宾: 0.18
- 金币: 1957.8
- 红花: 1
- 帖子: 303
- 在线: 384.4小时
- 虫号: 424222
- 注册: 2007-07-21
- 性别: GG
- 专业: 高分子物理与高分子物理化
★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 3-26 08:52
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 3-26 08:52
|
PR不是必需的，加上它是有目的的： Used to restrain particles / atom at a fixed reference position. Reasons for using position restraints: * avoid too drastic rearrangement of critical parts e.g. restrain protein during equilibration of added solvent. * isolation of a region being studied in detail, using a restrained shell of particles, from region outside it which lacks proper interactions due to missing particles (not implimented in GROMACS). |
5楼2009-03-24 22:56:52
6楼2009-05-09 14:08:48
