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求助snpEff软件怎么打开 已有1人参与
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下载的snpEff软件是jar格式的，网站上说直接双击就可以，但是双击无反应，电脑上已下载Java，有jdk和jre，也根据百度改过注册表之类的，都不行 使用cmd得到如下图的结果 不知是何原因 图片1.png |
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晋鹏
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【答案】应助回帖
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西门吹雪170: 金币+4, 鼓励回帖交流 2017-10-11 07:45:55
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1.建库 1）如果已经有库文件，直接可以在线下载相关的库文件。 $ java -jar snpEff.jar download Galgal4.72 关于你需要的库文件是否有，可以查阅snpEff.config文件。 2）如果没有库文件，那么就需要自己根据参考基因组序列文件（fasta格式）和注释文件（gff文件）自行建库。流程如下： 首先，配置snpEff.config，以galGal4为例。红色为添加部分。 data_dir后面的路径可以自己设定。 ==========================snpEff.config========================= #--- # Databases are stored here # E.g.: Information for 'hg19' is stored in data_dir/hg19/ # # Note: Since version 2.1 you can use tilde ('~') as first character to refer to your home directory #--- # gallus genome, version galGal4 galGal4：galGal4 data_dir = ~/data/snpEff_data/ =================================================== 然后，假设为data_dir的路径为~/data/snpEff_data/ ，你想要建立的库名字为galGal4的话。建立文件夹~/data/snpEff_data/galGal4。接着在这个文件家里面放上注释文件（gff文件）和基因组序列文件（fasta文件）。注意gff文件和基因组序列文件的名称分别命名为为“genes.gff”和“sequences.fa”。 最后在snpEff_3_1（即为软件和配置文件所在目录）运行如下命令。 注意: gff文件和fasta文件的染色体号要对上 |
2楼2017-10-10 19:15:34
3楼2017-10-11 08:59:23
