| 查看: 1425 | 回复: 2 | ||
[求助]
求助snpEff软件怎么打开已有1人参与
|
下载的snpEff软件是jar格式的，网站上说直接双击就可以，但是双击无反应，电脑上已下载Java，有jdk和jre，也根据百度改过注册表之类的，都不行 使用cmd得到如下图的结果 不知是何原因 图片1.png |
回复此楼» 猜你喜欢
为什么蛋白质氨基酸测定大家都测17种?
已经有5人回复
-
《灰分记：我与坩埚的“灰烬”之恋》
已经有3人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有250人回复
-
求助 食品检验工（基础知识），中国劳动社会出版社 电子版
已经有5人回复
-
胶体几丁质的结晶度？
已经有0人回复
-
诚挚招收全日制博士！！！中国农业科学院麻类研究所谭志坚研究员课题组招收博士
已经有2人回复
-
三甲基羟乙基丙二胺的合成路线
已经有5人回复
晋鹏
版主 (知名作家)
- MolEPI: 6
- 应助: 626 (博士)
- 贵宾: 0.096
- 金币: 27590.2
- 散金: 1052
- 红花: 288
- 沙发: 2
- 帖子: 5663
- 在线: 726.4小时
- 虫号: 1183978
- 注册: 2011-01-05
- 性别: GG
- 专业: 生物信息学
- 管辖: 农林
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+4, 鼓励回帖交流 2017-10-11 07:45:55
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+4, 鼓励回帖交流 2017-10-11 07:45:55
|
1.建库 1）如果已经有库文件，直接可以在线下载相关的库文件。 $ java -jar snpEff.jar download Galgal4.72 关于你需要的库文件是否有，可以查阅snpEff.config文件。 2）如果没有库文件，那么就需要自己根据参考基因组序列文件（fasta格式）和注释文件（gff文件）自行建库。流程如下： 首先，配置snpEff.config，以galGal4为例。红色为添加部分。 data_dir后面的路径可以自己设定。 ==========================snpEff.config========================= #--- # Databases are stored here # E.g.: Information for 'hg19' is stored in data_dir/hg19/ # # Note: Since version 2.1 you can use tilde ('~') as first character to refer to your home directory #--- # gallus genome, version galGal4 galGal4：galGal4 data_dir = ~/data/snpEff_data/ =================================================== 然后，假设为data_dir的路径为~/data/snpEff_data/ ，你想要建立的库名字为galGal4的话。建立文件夹~/data/snpEff_data/galGal4。接着在这个文件家里面放上注释文件（gff文件）和基因组序列文件（fasta文件）。注意gff文件和基因组序列文件的名称分别命名为为“genes.gff”和“sequences.fa”。 最后在snpEff_3_1（即为软件和配置文件所在目录）运行如下命令。 注意: gff文件和fasta文件的染色体号要对上 |
2楼2017-10-10 19:15:34
3楼2017-10-11 08:59:23