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安宝贝

新虫 (小有名气)

[求助] 小白白一枚,求助大神

昨天做PCR,师兄让先练手,跟另外两个同学一起做,他们两个的待扩增片段都是1000多bp,我的是645bp,放在同一个PCR仪中,按照的是95℃5min.95℃30s,57℃45s,72℃1min,72℃10min,35个循环,其他两个同学扩增出的条带都很亮,我的目的条带就比较暗,不够回收,今天中午要重新做,求助大神我应该怎么设定程序提高特异性,让产物多一些。
引物F:Tm61.2℃,引物R:Tm62℃.GC含量:F40%多一点点,R不到40%,差一点点

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安宝贝

新虫 (小有名气)

体系50,水35,buffer5,dNTPs4,F2,R2,DNA1.5,taq0.5

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2楼2017-09-26 07:59:08
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yangmeng0711

新虫 (小有名气)

延伸时间长一点,退火温度和时间优化一下

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3楼2017-09-26 08:32:32
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安宝贝

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by yangmeng0711 at 2017-09-26 08:32:32
延伸时间长一点,退火温度和时间优化一下

能能具体点怎么优化么?我也知道是程序有问题

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4楼2017-09-26 09:04:13
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yangmeng0711

新虫 (小有名气)


西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2017-09-27 07:46:35
退火温度以二度为梯度优化,退火时间根据你用的是什么酶上面有说明书,还有你模版的量,引物的量,包括你的延伸时间要根据你的目标基因长短而定,可以稍微长一点

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5楼2017-09-26 16:57:09
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安宝贝

新虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by yangmeng0711 at 2017-09-26 16:57:09
退火温度以二度为梯度优化,退火时间根据你用的是什么酶上面有说明书,还有你模版的量,引物的量,包括你的延伸时间要根据你的目标基因长短而定,可以稍微长一点

虽然师兄今天帮我设的程序跟你说的优化方法不太一样,还是谢谢你

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6楼2017-09-26 22:46:03
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夏老师的妹妹

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by yangmeng0711 at 2017-09-26 16:57:09
退火温度以二度为梯度优化,退火时间根据你用的是什么酶上面有说明书,还有你模版的量,引物的量,包括你的延伸时间要根据你的目标基因长短而定,可以稍微长一点

做touch down的时候用的是引物结合上去的低温度的那一个,想知道每个循环下降几度都有什么区别?这是为了什么?

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7楼2017-09-27 13:16:03
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