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badronger

新虫 (初入文坛)

[求助] 利用Crispr技术敲除链霉菌种属的基因已有3人参与

利用Crispr技术敲除链霉菌种属的基因,但在第一步就花了两个月都没做出来,急!!!

我是直接用的别人构建好的质粒,这个质粒上原本就是20nt,我得要把这20nt置换下来,连接上我自己的20nt,我是用酶切的方式(此质粒文献中的方法),但是这个酶是BaeI酶,这个酶比较特殊而且酶切效率不是很高。目前遇到的最大问题是,我的负对照(酶切后的质粒做连接转化,没有我的20nt)和我的实i验组长出的板子单克隆很奇怪,是那种像针尖一样,硬的,透明的很小的单克隆,很难挑。但是也能摇出菌,可是经测序是原始质粒。
我目前最大困惑:
(1)就是为什么负对照和实验组(有我自己设计的20nt)长出的单克隆形态与原始质粒的单克隆(正常的大杆菌单克隆形态)非常不一致。
(2)虽说有可能是酶切效率不高,导致挑了很多单克隆都不是。但是我没切时间有8小时,我感觉足够长了,是不是BaeI这个酶太特别了

希望大神能帮忙一下,快三个了,没一点进展,老师逼得急啊
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kangaroo0513

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


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西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2017-08-21 11:54:51
我怎么记得,Crispr的质粒,连上了别人的sgRNA之后,就不能替下来连自己的呢。。。必须要用空载切才行哎。。
2楼2017-07-22 21:12:13
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kangaroo0513

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by badronger at 2017-07-24 14:59:18
什么叫做空载切啊?卧室先酶切把别人的20bp切下来了,然后再连自己的20bp,这样不可以吗?
...

印象中不可以,因为别人连他的20bp的时候,就已经把酶切位点破坏掉了。你再切切不开。
4楼2017-07-24 20:14:47
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叶心飞翔

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
没有原始序列吗?可以在酶切设计的时候,考虑周全了,看看是否破坏酶切序列
5楼2017-07-25 10:31:10
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badronger

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by kangaroo0513 at 2017-07-22 21:12:13
我怎么记得,Crispr的质粒,连上了别人的sgRNA之后,就不能替下来连自己的呢。。。必须要用空载切才行哎。。

什么叫做空载切啊?卧室先酶切把别人的20bp切下来了,然后再连自己的20bp,这样不可以吗?

发自小木虫IOS客户端
3楼2017-07-24 14:59:18
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草溪河

铁虫 (著名写手)

请仔细分析这个酶的特点,识别序列

发自小木虫Android客户端
6楼2017-07-28 18:33:34
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davidck

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
西门吹雪170: 金币+3, 鼓励回帖交流 2017-08-21 11:55:29
原因可能是模板没有去除干净;酶连接效率太低;导致最后的克隆都是阴性的。
你可以:
1. 最简单的做法,让公司去做。现在很多公司都接这种活儿。
2. 利用PCR的方法,将模板的20bp取代掉,然后dpnI酶将模板处理干净,这样可能效果会好些。但是也不排除还是存在假阳性。

另外,请教下关于链霉菌遗传操作的事情,最近打算做相关工作,但是从没做过。可以互相交流。
如有意,私信我你的联系方式。
7楼2017-08-14 16:09:47
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8楼2017-08-17 16:19:20
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9楼2017-08-17 16:29:20
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10楼2017-08-17 22:04:06
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