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WelchM

铁虫 (初入文坛)

[求助] ssr数据分析求助 已有1人参与

我做的材料是多倍体，做了ssr分型后，三倍体有一至三个峰值，二倍体有一至两个峰值，在数据处理格式上怎么统一起来，有没有大神知道

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1楼 2017-07-16 07:53:54
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晋鹏

版主 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+3, 鼓励回帖交流 2017-07-16 23:18:31
1、应该首先确定引物在你检测的群体中一共有多少互异的条带：即有多少不同的等位变异，如果你是人工读带，就是在不同泳道上一共有多少不同迁移距离的条带。

2、二倍体的条带判读你只要记录最下面（最黑、最明显的那个条带）的变化类型即可（若最下面的条带有两条且一样黑，那就是杂合），其他条带可以全部视而不见，因为那些条带要不然是非特异扩增，要不然是taq酶合成滑动所致，不用考虑。

3、因为SSR是共显性标记，加之你研究的是二倍体作物，所以建议你还是按分子量重新读带，或是1,2,3,4..重新命名不同迁移距离的带型。
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及时行乐，人生不留遗憾！
2楼2017-07-16 08:20:07
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WelchM

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 晋鹏 at 2017-07-16 08:20:07
1、应该首先确定引物在你检测的群体中一共有多少互异的条带：即有多少不同的等位变异，如果你是人工读带，就是在不同泳道上一共有多少不同迁移距离的条带。

2、二倍体的条带判读你只要记录最下面（最黑、最明显的 ...

不是电泳，是STR分型，没有条带，分型读数按峰值来的，是二倍体和三倍体都有，主要是三倍体与二倍体放在一起的时候在进行数据整理，就不知道应该用什么格式了，放GenAlex分析

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3楼2017-07-16 18:43:33
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