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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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WelchM

铁虫 (初入文坛)

[求助] ssr数据分析求助 已有1人参与

我做的材料是多倍体,做了ssr分型后,三倍体有一至三个峰值,二倍体有一至两个峰值,在数据处理格式上怎么统一起来,有没有大神知道

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WelchM

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 晋鹏 at 2017-07-16 08:20:07
1、应该首先确定引物在你检测的群体中一共有多少互异的条带:即有多少不同的等位变异,如果你是人工读带,就是在不同泳道上一共有多少不同迁移距离的条带。

2、二倍体的条带判读你只要记录最下面(最黑、最明显的 ...

不是电泳,是STR分型,没有条带,分型读数按峰值来的,是二倍体和三倍体都有,主要是三倍体与二倍体放在一起的时候在进行数据整理,就不知道应该用什么格式了,放GenAlex分析

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3楼2017-07-16 18:43:33
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晋鹏

版主 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+3, 鼓励回帖交流 2017-07-16 23:18:31
1、应该首先确定引物在你检测的群体中一共有多少互异的条带:即有多少不同的等位变异,如果你是人工读带,就是在不同泳道上一共有多少不同迁移距离的条带。

2、二倍体的条带判读你只要记录最下面(最黑、最明显的那个条带)的变化类型即可(若最下面的条带有两条且一样黑,那就是杂合),其他条带可以全部视而不见,因为那些条带要不然是非特异扩增,要不然是taq酶合成滑动所致,不用考虑。

3、因为SSR是共显性标记,加之你研究的是二倍体作物,所以建议你还是按分子量重新读带,或是1,2,3,4..重新命名不同迁移距离的带型。
及时行乐,人生不留遗憾!
2楼2017-07-16 08:20:07
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