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疯狂豆豆儿

铜虫 (小有名气)

[求助] 小白求助PDB中将蛋白与配体分开 已有1人参与

看了之前各位前辈的方法,尝试了以下:
       1、首先试了用写字板打开PDB文件,然后删除HETATM内容,得到的蛋白在Autodock里打开,在加水分子这一步就显示“No new selection:::HOH*:*”。最后查看对接结果显示错误“ERROR *********************************************
Traceback (most recent call last):
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto
    result = command( *args, **kw )
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 3852, in doit
    d.readDlg(dlgFile)
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\Docking.py", line 105, in readDlg
    self.ch = ConformationHandler(self.ligMol,
AttributeError: Docking instance has no attribute 'ligMol'”
     2、用pymol,输入命令,remove solvent 移除溶剂,remove organic 移除小分子,发现配体还是没有移除。
     最近刚开始接触分子对接,还望各位大神帮帮忙!
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Pauline诗

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
8楼: Originally posted by autodockytu at 2017-07-07 20:15:40
最好用pymol进行前处理,删除水分子,天然配体及多余的链

你好,请问如何用PYMOL作两个蛋白质的对接
9楼2018-02-02 15:04:39
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查看全部 11 个回答

yilanding

木虫 (著名写手)

用pymol做,display  sequence,找到陪体右键删除

发自小木虫IOS客户端
很傻
2楼2017-06-28 17:36:37
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ls0725

新虫 (初入文坛)

你好,能给我发autodock软件吗,刚开始接触,网上下好了没安上。。

发自小木虫IOS客户端
3楼2017-06-30 11:48:44
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疯狂豆豆儿

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yilanding at 2017-06-28 17:36:37
用pymol做,display  sequence,找到陪体右键删除

您好!按照您的方法去除了配体,但是保存的文件Autodock打不开啊
4楼2017-06-30 12:15:14
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