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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 小白求助PDB中将蛋白与配体分开
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疯狂豆豆儿

铜虫 (小有名气)

[求助] 小白求助PDB中将蛋白与配体分开 已有1人参与

看了之前各位前辈的方法，尝试了以下：
       1、首先试了用写字板打开PDB文件，然后删除HETATM内容，得到的蛋白在Autodock里打开，在加水分子这一步就显示“No new selection:::HOH*:*”。最后查看对接结果显示错误“ERROR *********************************************
Traceback (most recent call last):
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto
    result = command( *args, **kw )
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 3852, in doit
    d.readDlg(dlgFile)
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\Docking.py", line 105, in readDlg
    self.ch = ConformationHandler(self.ligMol,
AttributeError: Docking instance has no attribute 'ligMol'”
     2、用pymol，输入命令，remove solvent 移除溶剂，remove organic 移除小分子，发现配体还是没有移除。
     最近刚开始接触分子对接，还望各位大神帮帮忙！
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1楼 2017-06-28 16:33:05
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

yilanding

木虫 (著名写手)
用pymol做，display  sequence，找到陪体右键删除

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很傻
2楼2017-06-28 17:36:37
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普通回帖

ls0725

新虫 (初入文坛)
你好，能给我发autodock软件吗，刚开始接触，网上下好了没安上。。

发自小木虫IOS客户端
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3楼2017-06-30 11:48:44
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疯狂豆豆儿

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yilanding at 2017-06-28 17:36:37
用pymol做，display  sequence，找到陪体右键删除

您好！按照您的方法去除了配体，但是保存的文件Autodock打不开啊
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4楼2017-06-30 12:15:14
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598878157

版主 (文学泰斗)

rky
祝好

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5楼2017-06-30 12:47:13
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yilanding

木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 疯狂豆豆儿 at 2017-06-30 12:15:14
您好！按照您的方法去除了配体，但是保存的文件Autodock打不开啊...

保存为pdb格式

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很傻
6楼2017-06-30 19:22:54
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你好哈-

木虫 (小有名气)
你用DS删了不就行了吗？配体另存就可以了啊！

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7楼2017-07-07 00:16:35
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autodockytu

捐助贵宾 (小有名气)

【答案】应助回帖

最好用pymol进行前处理，删除水分子，天然配体及多余的链
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8楼2017-07-07 20:15:40
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Pauline诗

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by autodockytu at 2017-07-07 20:15:40
最好用pymol进行前处理，删除水分子，天然配体及多余的链

你好，请问如何用PYMOL作两个蛋白质的对接
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9楼2018-02-02 15:04:39
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默语有声

木虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by ls0725 at 2017-06-30 11:48:44
你好，能给我发autodock软件吗，刚开始接触，网上下好了没安上。。

你好！请问你有Autodock的软件包吗？我自己下载的就是安不上，也不知道是为什么。
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10楼2018-02-05 15:42:40
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