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小白求助PDB中将蛋白与配体分开 已有1人参与
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看了之前各位前辈的方法，尝试了以下： 1、首先试了用写字板打开PDB文件，然后删除HETATM内容，得到的蛋白在Autodock里打开，在加水分子这一步就显示“No new selection:::HOH*:*”。最后查看对接结果显示错误“ERROR ********************************************* Traceback (most recent call last): File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto result = command( *args, **kw ) File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 3852, in doit d.readDlg(dlgFile) File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\Docking.py", line 105, in readDlg self.ch = ConformationHandler(self.ligMol, AttributeError: Docking instance has no attribute 'ligMol'” 2、用pymol，输入命令，remove solvent 移除溶剂，remove organic 移除小分子，发现配体还是没有移除。 最近刚开始接触分子对接，还望各位大神帮帮忙！  |
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