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luckygirl8371

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于16s鉴定中假阳性的问题!!

大家好!最近在做菌株鉴定,可是遇到奇怪的问题。
     1. 我是用16s通用引物27F和1492R扩增16s片段,可是阴性对照总是在1500bp处出现能看到的条带,不管是我换了水,引物,MIX,消毒PCR仪,消毒枪,还是统统在无菌环境下进行,都会出现假阳性,我将阴性的PCR产物送出测序,两次回来的结果都是Pseudomonas poae,这到底是怎么回事呢?老是假阳存在,那扩增出的菌测序结果就不能保证是正确的,各位大神,能帮忙解答一下原因吗?快崩溃了
    2. 明明通过镜检确定是单一菌,菌落PCR测序要么一侧双峰,要么两侧都是双峰;挑单克隆摇菌提取基因组后扩增,送PCR产物还是一侧双峰,这到底是为什么呢?看峰图是从头到尾都是杂峰,但另一端测序的峰图确实好的,双峰的原因就一定是菌不纯吗?要是GC含量高应该是某一段出现杂峰,不该是从头到尾,要是菌不纯,可镜检是单一形态,划板挑单克隆提基因组扩的,怎么会是菌不纯呢?
      困扰的问题,老也解决不了,影响心情,更影响进度,请各位大神帮忙分析一下吧!谢谢大家
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LemnisCare

禁虫 (初入文坛)

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6楼2018-11-16 14:03:12
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real-times

新虫 (初入文坛)

菌落鉴定,酶一定买没有细菌基因组污染的,一般的Taq都有细菌基因组的污染,可以做个不加模板的对照,如果有带,就是酶有污染

发自小木虫IOS客户端
2楼2017-06-02 06:01:40
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luckygirl8371

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by real-times at 2017-06-02 06:01:40
菌落鉴定,酶一定买没有细菌基因组污染的,一般的Taq都有细菌基因组的污染,可以做个不加模板的对照,如果有带,就是酶有污染

谢谢战友的答复!我用的是MIX,是不是MIX有问题呢?但是有时加菌液的相同条件下扩增不出条带,反而作为阴性对照的水却有条带,那还能说明是MIX的问题吗?
3楼2017-06-02 15:27:37
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alinka_47

新虫 (初入文坛)

楼主有没有找到解决的办法?我最近在做细菌基因组提取时,液碰到类似问题,除了mix,其它试剂都更换了阴性还是有条带。
4楼2017-12-05 16:20:19
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