24小时热门版块排行榜    

查看: 1559  |  回复: 5
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

tomcat3

新虫 (初入文坛)

[求助] 新人求教,这一段无论如何也看不懂了 已有3人参与

http://muchong.com/html/201610/10728477.html 里面的最后一部分

三、vasp脚本的编写
如下是我写的在自建集群上运行的脚本vasp.sh
#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -l walltime=1500:00:00
#PBS -j oe
#PBS -q batch
#PBS -V
VASP_PATH=/export/home/cluser1/vasp-vtst/vasp.5.4.1/bin
export PATH=${VASP_PATH}:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/export/home/cluser1/intel/composerxe/mkl/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH
source /export/home/cluser1/intel/composerxe/bin/compilervars.sh intel64
export PATH=/export/home/cluser1/intel/composerxe/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/export/home/cluser1/intel/composerxe/mkl/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/export/home/cluser1/intel/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH
export PATH=/export/home/cluser1/openmpi-1.6.5-intel-v12.1.5/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/export/home/cluser1/openmpi-1.6.5-intel-v12.1.5/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export MANPATH=/export/home/cluser1/openmpi-1.6.5-intel-v12.1.5/share/man:$MANPATH
mpirun -np 4 vasp_std >& log
相关路径,请根据实际情况进行修改,这个脚本既可以用于执行命令./vasp.sh&直接在当前机器上提交任务,也可以通过Torque任务管理系统用命令qsub vasp.sh提交。



这个是不是说弄一个文本文件把这些复制过去,路径修改下,然后直接在当前目录输入 .vasp.sh& 就可以运行了?
可我试了一下还是错误
回复此楼

» 猜你喜欢

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangfrank

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by tomcat3 at 2017-05-05 16:02:12
我前面就那样做的,然后出现 permission denied提示
...

哦 那就不是很清楚了。
你可以试试其他话能带的脚本处理输出的文件画能带。脚本很多,别局限住自己
计算顺利点吧
4楼2017-05-05 17:15:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答

zhangfrank

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
建立一个文件夹,把四个输入文件和这个脚本文件放同一目录,运行即可。

你不说清楚你的是什么错误没有办法帮你
计算顺利点吧
2楼2017-05-05 15:08:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tomcat3

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zhangfrank at 2017-05-05 15:08:24
建立一个文件夹,把四个输入文件和这个脚本文件放同一目录,运行即可。

你不说清楚你的是什么错误没有办法帮你

我前面就那样做的,然后出现 permission denied提示

发自小木虫Android客户端
3楼2017-05-05 16:02:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hs0218

金虫 (正式写手)

DDr.

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
export是你环境变量的东西 只要在.bashrc里就好了
这个提交qsub vasp.sh会挂在PBS里运行
如果不挂 直接运行就用mpirun -np 4 vasp_std  就好了

要学脚本至少懂一些linux吧 也要懂一些linux软件安装和环境设置
路漫漫其修远兮
5楼2017-05-07 16:09:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 299求调剂 +3 某某某某位 2026-03-21 3/150 2026-03-21 13:11 by zhukairuo
[考研] 332求调剂 +3 凤凰院丁真 2026-03-20 3/150 2026-03-21 10:27 by luoyongfeng
[考研] 085601调剂 358分 +3 zzzzggh 2026-03-20 4/200 2026-03-21 10:21 by luoyongfeng
[考研] 307求调剂 +3 wyyyqx 2026-03-17 3/150 2026-03-21 03:20 by JourneyLucky
[考研] 一志愿重庆大学085700资源与环境专硕,总分308求调剂 +3 墨墨漠 2026-03-18 3/150 2026-03-21 00:39 by JourneyLucky
[考研] 274求调剂 +10 S.H1 2026-03-18 10/500 2026-03-20 23:51 by JourneyLucky
[考研] 287求调剂 +7 晨昏线与星海 2026-03-19 8/400 2026-03-20 22:19 by JourneyLucky
[考研] 350求调剂 +5 weudhdk 2026-03-19 5/250 2026-03-20 22:04 by luoyongfeng
[考研] 一志愿华中农业071010,总分320求调剂 +3 困困困困坤坤 2026-03-20 3/150 2026-03-20 20:38 by 学员8dgXkO
[考研] 材料学求调剂 +4 Stella_Yao 2026-03-20 4/200 2026-03-20 20:28 by ms629
[考研] 281求调剂(0805) +14 烟汐忆海 2026-03-16 25/1250 2026-03-20 15:47 by yuncha
[考研] 081700化工学硕调剂 +3 【1】 2026-03-16 3/150 2026-03-19 23:40 by edmund7
[考研] 320求调剂0856 +3 不想起名字112 2026-03-19 3/150 2026-03-19 22:53 by 学员8dgXkO
[考研] 生物学调剂招人!!! +3 山海天岚 2026-03-17 4/200 2026-03-19 21:34 by 怎么释怀
[考研] 288求调剂,一志愿华南理工大学071005 +5 ioodiiij 2026-03-17 5/250 2026-03-19 18:22 by zcl123
[考研] 085601材料工程专硕求调剂 +10 慕寒mio 2026-03-16 10/500 2026-03-19 15:26 by 丁丁*
[考研] 266求调剂 +5 阳阳哇塞 2026-03-14 10/500 2026-03-19 15:08 by 阳阳哇塞
[考研] 【同济软件】软件(085405)考研求调剂 +3 2026eternal 2026-03-18 3/150 2026-03-18 19:09 by 搏击518
[考研] 东南大学364求调剂 +5 JasonYuiui 2026-03-15 5/250 2026-03-16 21:28 by 木瓜膏
[考研] 本科南京大学一志愿川大药学327 +3 麦田耕者 2026-03-14 3/150 2026-03-14 20:04 by 外星文明
信息提示
请填处理意见