24小时热门版块排行榜    

查看: 1670  |  回复: 5

tomcat3

新虫 (初入文坛)

[求助] 新人求教,这一段无论如何也看不懂了 已有3人参与

http://muchong.com/html/201610/10728477.html 里面的最后一部分

三、vasp脚本的编写
如下是我写的在自建集群上运行的脚本vasp.sh
#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -l walltime=1500:00:00
#PBS -j oe
#PBS -q batch
#PBS -V
VASP_PATH=/export/home/cluser1/vasp-vtst/vasp.5.4.1/bin
export PATH=${VASP_PATH}:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/export/home/cluser1/intel/composerxe/mkl/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH
source /export/home/cluser1/intel/composerxe/bin/compilervars.sh intel64
export PATH=/export/home/cluser1/intel/composerxe/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/export/home/cluser1/intel/composerxe/mkl/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/export/home/cluser1/intel/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH
export PATH=/export/home/cluser1/openmpi-1.6.5-intel-v12.1.5/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/export/home/cluser1/openmpi-1.6.5-intel-v12.1.5/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export MANPATH=/export/home/cluser1/openmpi-1.6.5-intel-v12.1.5/share/man:$MANPATH
mpirun -np 4 vasp_std >& log
相关路径,请根据实际情况进行修改,这个脚本既可以用于执行命令./vasp.sh&直接在当前机器上提交任务,也可以通过Torque任务管理系统用命令qsub vasp.sh提交。



这个是不是说弄一个文本文件把这些复制过去,路径修改下,然后直接在当前目录输入 .vasp.sh& 就可以运行了?
可我试了一下还是错误
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangfrank

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
建立一个文件夹,把四个输入文件和这个脚本文件放同一目录,运行即可。

你不说清楚你的是什么错误没有办法帮你
计算顺利点吧
2楼2017-05-05 15:08:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tomcat3

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zhangfrank at 2017-05-05 15:08:24
建立一个文件夹,把四个输入文件和这个脚本文件放同一目录,运行即可。

你不说清楚你的是什么错误没有办法帮你

我前面就那样做的,然后出现 permission denied提示

发自小木虫Android客户端
3楼2017-05-05 16:02:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangfrank

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by tomcat3 at 2017-05-05 16:02:12
我前面就那样做的,然后出现 permission denied提示
...

哦 那就不是很清楚了。
你可以试试其他话能带的脚本处理输出的文件画能带。脚本很多,别局限住自己
计算顺利点吧
4楼2017-05-05 17:15:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hs0218

金虫 (正式写手)

DDr.

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
export是你环境变量的东西 只要在.bashrc里就好了
这个提交qsub vasp.sh会挂在PBS里运行
如果不挂 直接运行就用mpirun -np 4 vasp_std  就好了

要学脚本至少懂一些linux吧 也要懂一些linux软件安装和环境设置
路漫漫其修远兮
5楼2017-05-07 16:09:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tomcat3

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by hs0218 at 2017-05-07 16:09:30
export是你环境变量的东西 只要在.bashrc里就好了
这个提交qsub vasp.sh会挂在PBS里运行
如果不挂 直接运行就用mpirun -np 4 vasp_std  就好了

要学脚本至少懂一些linux吧 也要懂一些linux软件安装和环境设置

那这个网页里前面已经把环境变量都设置好了,就差vasp的环境变量了,这个脚本是不是写重复了?http://muchong.com/html/201610/10728477.html
6楼2017-05-10 14:16:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 tomcat3 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +7 启萌科技 2026-08-12 26/1300 2026-08-16 12:35 by 启萌科技
[基金申请] 我的国基提前知道中了,可是同事的操作让我实在接受不了,怎么会有这样的人 +11 家与远方 2026-08-10 16/800 2026-08-16 10:28 by ray43
[基金申请] 有时候,自然基金真的不能太认真 (我的申报经验) +10 majunge000 2026-08-11 12/600 2026-08-16 08:18 by xli1984
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +12 archvillain 2026-08-15 23/1150 2026-08-15 20:47 by foyo404
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +6 wangze12014 2026-08-14 7/350 2026-08-15 20:12 by gltch
[基金申请] filecode +8 cratir 2026-08-14 12/600 2026-08-15 18:08 by zyfgau
[基金申请] 小木虫上这么多卖论文的,真有人买论文么?感觉没必要啊 +12 Tide man 2026-08-10 13/650 2026-08-15 16:34 by 氺木
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果? +4 yuleib84 2026-08-11 4/200 2026-08-14 23:05 by lfy8008
[基金申请] 奇怪,两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +8 布布和一二 2026-08-10 11/550 2026-08-14 14:58 by Equinoxhua
[硕博家园] 读博的好处 +4 lnee 2026-08-11 4/200 2026-08-14 10:20 by ahsoarli
[基金申请] FileCode能看出啥? +10 要乐观耀哥 2026-08-10 32/1600 2026-08-14 09:37 by 要乐观耀哥
[基金申请] 静等基金结果 +8 gjjjzhong 2026-08-10 21/1050 2026-08-13 17:56 by 且听虎啸
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] Filecode 又变了,巨变 +3 WH3796 2026-08-12 4/200 2026-08-13 14:13 by 小木虫6752397
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +4 布布和一二 2026-08-11 5/250 2026-08-13 12:56 by cratir
[基金申请] 结合人工智能,周易传统文化,filecode打分制来了,3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分? +11 yufeiwaner 2026-08-09 13/650 2026-08-12 08:17 by yufeiwaner
[基金申请] 帮忙看看fileCode +7 wwncly 2026-08-10 13/650 2026-08-11 19:36 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 什么时候出结果,有咨询渠道??? +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
信息提示
请填处理意见