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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 新人求教，这一段无论如何也看不懂了
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tomcat3

新虫 (初入文坛)

[求助] 新人求教，这一段无论如何也看不懂了 已有3人参与

http://muchong.com/html/201610/10728477.html 里面的最后一部分

三、vasp脚本的编写
如下是我写的在自建集群上运行的脚本vasp.sh
#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -l walltime=1500:00:00
#PBS -j oe
#PBS -q batch
#PBS -V
VASP_PATH=/export/home/cluser1/vasp-vtst/vasp.5.4.1/bin
export PATH=${VASP_PATH}:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/export/home/cluser1/intel/composerxe/mkl/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH
source /export/home/cluser1/intel/composerxe/bin/compilervars.sh intel64
export PATH=/export/home/cluser1/intel/composerxe/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/export/home/cluser1/intel/composerxe/mkl/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/export/home/cluser1/intel/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH
export PATH=/export/home/cluser1/openmpi-1.6.5-intel-v12.1.5/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/export/home/cluser1/openmpi-1.6.5-intel-v12.1.5/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export MANPATH=/export/home/cluser1/openmpi-1.6.5-intel-v12.1.5/share/man:$MANPATH
mpirun -np 4 vasp_std >& log
相关路径，请根据实际情况进行修改，这个脚本既可以用于执行命令./vasp.sh&直接在当前机器上提交任务，也可以通过Torque任务管理系统用命令qsub vasp.sh提交。



这个是不是说弄一个文本文件把这些复制过去，路径修改下，然后直接在当前目录输入 .vasp.sh& 就可以运行了？
可我试了一下还是错误
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1楼 2017-05-05 13:51:00
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tomcat3

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhangfrank at 2017-05-05 15:08:24
建立一个文件夹，把四个输入文件和这个脚本文件放同一目录，运行即可。

你不说清楚你的是什么错误没有办法帮你

我前面就那样做的，然后出现 permission denied提示

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
3楼2017-05-05 16:02:12
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zhangfrank

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
建立一个文件夹，把四个输入文件和这个脚本文件放同一目录，运行即可。

你不说清楚你的是什么错误没有办法帮你
赞一下 回复此楼
计算顺利点吧
2楼2017-05-05 15:08:24
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zhangfrank

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by tomcat3 at 2017-05-05 16:02:12
我前面就那样做的，然后出现 permission denied提示
...

哦 那就不是很清楚了。
你可以试试其他话能带的脚本处理输出的文件画能带。脚本很多，别局限住自己
赞一下 回复此楼
计算顺利点吧
4楼2017-05-05 17:15:14
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hs0218

金虫 (正式写手)

DDr.

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
export是你环境变量的东西 只要在.bashrc里就好了
这个提交qsub vasp.sh会挂在PBS里运行
如果不挂 直接运行就用mpirun -np 4 vasp_std  就好了

要学脚本至少懂一些linux吧 也要懂一些linux软件安装和环境设置
赞一下 回复此楼
路漫漫其修远兮
5楼2017-05-07 16:09:30
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