24小时热门版块排行榜    

查看: 1656  |  回复: 5

tomcat3

新虫 (初入文坛)

[求助] 新人求教,这一段无论如何也看不懂了 已有3人参与

http://muchong.com/html/201610/10728477.html 里面的最后一部分

三、vasp脚本的编写
如下是我写的在自建集群上运行的脚本vasp.sh
#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -l walltime=1500:00:00
#PBS -j oe
#PBS -q batch
#PBS -V
VASP_PATH=/export/home/cluser1/vasp-vtst/vasp.5.4.1/bin
export PATH=${VASP_PATH}:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/export/home/cluser1/intel/composerxe/mkl/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH
source /export/home/cluser1/intel/composerxe/bin/compilervars.sh intel64
export PATH=/export/home/cluser1/intel/composerxe/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/export/home/cluser1/intel/composerxe/mkl/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/export/home/cluser1/intel/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH
export PATH=/export/home/cluser1/openmpi-1.6.5-intel-v12.1.5/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/export/home/cluser1/openmpi-1.6.5-intel-v12.1.5/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export MANPATH=/export/home/cluser1/openmpi-1.6.5-intel-v12.1.5/share/man:$MANPATH
mpirun -np 4 vasp_std >& log
相关路径,请根据实际情况进行修改,这个脚本既可以用于执行命令./vasp.sh&直接在当前机器上提交任务,也可以通过Torque任务管理系统用命令qsub vasp.sh提交。



这个是不是说弄一个文本文件把这些复制过去,路径修改下,然后直接在当前目录输入 .vasp.sh& 就可以运行了?
可我试了一下还是错误
回复此楼

» 猜你喜欢

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangfrank

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
建立一个文件夹,把四个输入文件和这个脚本文件放同一目录,运行即可。

你不说清楚你的是什么错误没有办法帮你
计算顺利点吧
2楼2017-05-05 15:08:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tomcat3

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zhangfrank at 2017-05-05 15:08:24
建立一个文件夹,把四个输入文件和这个脚本文件放同一目录,运行即可。

你不说清楚你的是什么错误没有办法帮你

我前面就那样做的,然后出现 permission denied提示

发自小木虫Android客户端
3楼2017-05-05 16:02:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangfrank

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by tomcat3 at 2017-05-05 16:02:12
我前面就那样做的,然后出现 permission denied提示
...

哦 那就不是很清楚了。
你可以试试其他话能带的脚本处理输出的文件画能带。脚本很多,别局限住自己
计算顺利点吧
4楼2017-05-05 17:15:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hs0218

金虫 (正式写手)

DDr.

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
export是你环境变量的东西 只要在.bashrc里就好了
这个提交qsub vasp.sh会挂在PBS里运行
如果不挂 直接运行就用mpirun -np 4 vasp_std  就好了

要学脚本至少懂一些linux吧 也要懂一些linux软件安装和环境设置
路漫漫其修远兮
5楼2017-05-07 16:09:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tomcat3

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by hs0218 at 2017-05-07 16:09:30
export是你环境变量的东西 只要在.bashrc里就好了
这个提交qsub vasp.sh会挂在PBS里运行
如果不挂 直接运行就用mpirun -np 4 vasp_std  就好了

要学脚本至少懂一些linux吧 也要懂一些linux软件安装和环境设置

那这个网页里前面已经把环境变量都设置好了,就差vasp的环境变量了,这个脚本是不是写重复了?http://muchong.com/html/201610/10728477.html
6楼2017-05-10 14:16:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 tomcat3 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] filecode +9 等待解的谜 2026-08-06 13/650 2026-08-06 20:42 by Vivilian
[基金申请] filecode +8 布布和一二 2026-08-06 11/550 2026-08-06 20:41 by tangpu318
[基金申请] 听说今天filecode变了 +13 布布和一二 2026-08-06 26/1300 2026-08-06 20:26 by 超级海虾
[基金申请] 大家散了吧,后缀研究没有意义,别浪费时间了,过好目前的每一天,不要焦虑 +5 Tide man 2026-08-06 6/300 2026-08-06 20:19 by 苏知砚
[基金申请] 固定端突然变了,今天 +3 archvillain 2026-08-06 6/300 2026-08-06 20:11 by olivermiaoer
[基金申请] 基金中了 +4 laoda193707 2026-08-06 4/200 2026-08-06 18:56 by olivermiaoer
[有机交流] 一个有机合成实验室都需要哪些设备? 50+3 kf2781974 2026-07-31 12/600 2026-08-06 15:11 by eddyin
[基金申请] 求各位大神看下 100+6 hpkpkpkp 2026-08-05 33/1650 2026-08-06 14:49 by zhiyanjiang
[教师之家] 咨询面上基金 +4 李长云 2026-07-31 7/350 2026-08-06 11:20 by 李长云
[基金申请] 影响面上的因素 +8 布布和一二 2026-08-05 11/550 2026-08-06 10:41 by 宝贝虫子
[基金申请] 8月时间戳变的,举个手。玩一下,释放压力 +9 archvillain 2026-08-04 11/550 2026-08-05 20:06 by wlwhappy
[基金申请] 面上再次挂了,太难了,躺也躺不了,倦也卷不过,小学校之殇! +22 低垂的野花 2026-07-31 30/1500 2026-08-05 18:03 by 低垂的野花
[基金申请] 好消息?这个有何含义??? +8 Tide man 2026-08-05 10/500 2026-08-05 16:14 by xmuxiaoyu
[考博] 【2027博士申请】纳米药物递送方向 20+3 13586093586 2026-08-03 4/200 2026-08-05 09:59 by lfy8008
[基金申请] 有没有H口的?有收到消息的吗? +3 超级海虾 2026-08-04 3/150 2026-08-04 17:26 by 学教育滴
[论文投稿] 十年后又回来了,论文投稿求助 +3 哈哈114477 2026-08-01 3/150 2026-08-04 15:40 by tegsgjy20
[基金申请] 纯娱乐,不喜欢勿喷 +7 Tide man 2026-08-04 10/500 2026-08-04 15:10 by loufangrui
[基金申请] 面上提前没消息,有中的吗 +14 archvillain 2026-08-02 18/900 2026-08-04 14:42 by archvillain
[基金申请] 娱乐 +4 Tide man 2026-08-03 4/200 2026-08-04 11:51 by wgch518
[基金申请] 什么时候能放榜呀? +3 Jacob678 2026-08-03 3/150 2026-08-03 16:14 by gltch
信息提示
请填处理意见