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paigu1994

新虫 (初入文坛)

[求助] 如何计算离子吸附 已有1人参与

请教一下 如果想做离子(OH-)在表面的吸附 DFT计算 什么软件可以实现呢 我只见过电中性原子吸附 问了一个大牛 说在MS中可以整体带电 不可以局部带电 这个意思就是不可以计算离子对吗 谢谢大家
那么什么软件可以实现呀 求助求助

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18213818611

金虫 (著名写手)

做吸附   vasp   Gaussian   MS都可以做的    只要把oh放在表面上让后整体带一个负电荷机就可以了    其它的和做非吸附的一样   还有如果用MS的话   基组可能要用加了弥散函数的dnp+基组  因为这种基组适合弱相互作用  带负电的体系

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Thedarkesthouristhatbeforethedawn.Victorywon’tcometomeunlessIgotoit.
2楼2017-04-29 10:28:21
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hyde1022

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
我觉得首先你要确定是不是想做带电的OH吸附。中性的OH分子吸附在金属或氧化物表面的时候,由于OH的电负性高,电子会从金属表面转移到OH,形成离子键。因此实际上你得到的就是OH负离子,这个可以通过charge difference plot来确认。
DFT中做带电体系的话,由于结构的周期性,这部分多余电荷的静电能在积分的时候会造成能量的diverge,所以实际计算中,会加一个back ground charge来抵消这个多余的电荷。以上是bulk的情况,做surface的时候由于有真空层,情况会更复杂,计算可能不收敛。
我不清楚你的具体体系,但我认为你还是确认一下是要做OH-的吸附,还是中性OH和surface形成离子键。

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7楼2017-04-30 01:30:05
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

有过剩电荷的时候考虑了jellium model抵消过剩电荷引起的发散,一般castep和dmol3确实这么做了,多出的偶极作用需要修正功函数来抵消周期性的镜像作用。但是这样的情况总能随着晶格尺度还是不能保证收敛。如果要做的话,你可以考虑使用Markov-Payne修正或者PCC修正,这个Quantum Esspresso可以做。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

不一定挂在论坛,计算问题问题欢迎留言。
8楼2017-04-30 10:44:12
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

引用回帖:
11楼: Originally posted by paigu1994 at 2017-05-01 07:09:13
我没有用过QE 仍旧是ms小白
您的回答我收藏了
以后我研究一下
我听了上边人的回复 我决定做个中性的吸附
...

离子吸附和中性结果是不相同的。这两种情况的稳定性应该有体系的电极电势决定,电极电势足够高才有可能将OH-氧化,此时OH穿越双电层的时候就失去电子了。同时得伴随另外一极发生还原过程。除非你确定伴有这样的电化学过程才考虑。

反而我觉得溶剂化效应一定要考虑,从连续介质模型看,因为屏蔽作用,单独的电荷更容易局域到原子上而不是弥散到溶剂或者真空区域,这对于离子的稳定性来说是不同的。目前MS根本没有能够很好处理表面的溶剂化方法,Dmol的cosmo并非对所有元素都有溶剂化半径的定义。目前比较常规的不依赖溶剂化半径的连续介质方法,你可以使用vaspsol和quantum espresso 的environ插件。

所以总体而言用qe会方便些。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
不一定挂在论坛,计算问题问题欢迎留言。
13楼2017-05-01 10:17:49
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普通回帖

paigu1994

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 18213818611 at 2017-04-29 10:28:21
做吸附   vasp   Gaussian   MS都可以做的    只要把oh放在表面上让后整体带一个负电荷机就可以了    其它的和做非吸附的一样   还有如果用MS的话   基组可能要用加了弥散函数的dnp+基组  因为这种基组适合弱相互作 ...

您好 那个设置整体带一个负电荷的在哪里设置呀 在MS中

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3楼2017-04-29 13:05:00
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18213818611

金虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by paigu1994 at 2017-04-29 13:05:00
您好 那个设置整体带一个负电荷的在哪里设置呀 在MS中
...

charge设为-1

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Thedarkesthouristhatbeforethedawn.Victorywon’tcometomeunlessIgotoit.
4楼2017-04-29 13:15:55
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paigu1994

新虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by 18213818611 at 2017-04-29 13:15:55
charge设为-1
...

谢谢您

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5楼2017-04-29 13:19:34
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zhouyanan91

铁虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 18213818611 at 2017-04-29 13:15:55
charge设为-1
...

应该是吧OH同时选中,设置charge即OH带一个负电荷吧,要是把整体charge设置为-1,应该不合适吧
6楼2017-04-29 17:43:26
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paigu1994

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by zhouyanan91 at 2017-04-29 17:43:26
应该是吧OH同时选中,设置charge即OH带一个负电荷吧,要是把整体charge设置为-1,应该不合适吧...

您用的什么软件?vasp ms都只能整体带电

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9楼2017-05-01 06:59:56
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paigu1994

新虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by hyde1022 at 2017-04-30 01:30:05
我觉得首先你要确定是不是想做带电的OH吸附。中性的OH分子吸附在金属或氧化物表面的时候,由于OH的电负性高,电子会从金属表面转移到OH,形成离子键。因此实际上你得到的就是OH负离子,这个可以通过charge differen ...

感谢您!您说的对我的帮助很大。

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10楼2017-05-01 07:01:46
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