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安静的位置i

金虫 (小有名气)

[交流] 关于用NcoI位点设计引物

我想设计一条引物,以NcoI为酶切位点,它的识别序列是CCATGG。
(1)这样它自身带有ATG,而ATG后面的G恰好会造成移码突变,我是不是需要在G后面再补加两个碱基,这样蛋白就变了,能不能有什么办法去掉那个G,表达天然的目的蛋白呢(除了下面的)?
(2)如果酶切后用klenow补平,是不是就会补成CCATG,这样就没有最后的那个G了?
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eaglezheng

铁虫 (小有名气)

没看明白lz的意思,一般的引物加酶切位点后再加上保护碱基对引物没什么影响
2楼2009-01-05 23:22:13
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nnxqwei

至尊木虫 (职业作家)

★ ★ ★ ★ ★
安静的位置i(金币+5,VIP+0):谢谢!
1。基因通常以ATG作为启始密码子,如果NcoI为酶切位点进行连接表达,而基因第4个碱基不是G的话,可以把第4个碱基变为G,这样突变了一个氨基酸,对酶学特性影响不大,总比补加两个碱基从而多一个氨基酸较好。(补加的G是去不掉的)。如果你想表达的蛋白一个氨基酸也不变,那可以考虑用平端连接。也就是ATG........,用高保真酶(如pfu ,pyrobest等)PCR后产生平末端,不用加酶切位点,但平末端连接效果好差,而且有相反的方向。。。。

2。酶切后用klenow补平,也去不掉G的,因为读的方向是5‘-ATGG。。。。3’
3楼2009-01-06 02:12:14
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安静的位置i

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by nnxqwei at 2009-1-6 02:12:
1。基因通常以ATG作为启始密码子,如果NcoI为酶切位点进行连接表达,而基因第4个碱基不是G的话,可以把第4个碱基变为G,这样突变了一个氨基酸,对酶学特性影响不大,总比补加两个碱基从而多一个氨基酸较好。(补加 ...

谢谢楼上的回答!你的方法很好!突变一个G比较好:)
对于我的第二个问题,我可能没有说清楚,我的质粒上有Nco1这样的位点,我必须要用这个位点插入片段,而且这个位点上目前有一个别的片段,我要先用Nco1酶切掉这个片段,然后用Klenow补平这个质粒,再用你说的高保真酶PCR目的片段,这样平段连接,应该就是ATG+目的基因了吧?呵呵,我觉得您给我提供的方法就是这个意思吧?
4楼2009-01-06 09:14:33
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charon1982

铁杆木虫 (著名写手)

很有意思,怎么感觉像你在人为的加上一个ATG啊,而不是你原有目的基因的原始启动子啊
帮助虫友,提升自己
5楼2009-01-06 10:02:55
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jasco

木虫 (正式写手)

我也觉得第二个氨基酸变了应该影响不大
6楼2009-01-06 10:57:27
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安静的位置i

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by charon1982 at 2009-1-6 10:02:
很有意思,怎么感觉像你在人为的加上一个ATG啊,而不是你原有目的基因的原始启动子啊

不是我想加,是我必须用NcoI这个位点插入,所以必然引入了ATG
7楼2009-01-06 17:03:43
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charon1982

铁杆木虫 (著名写手)

那你引入ATG,也不一定在这里启动表达啊
帮助虫友,提升自己
8楼2009-01-06 17:21:06
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charon1982

铁杆木虫 (著名写手)

第二个氨基酸的突变,要看你的第二个氨基酸是否于蛋白的结构形成关系大不大!
帮助虫友,提升自己
9楼2009-01-06 17:24:39
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安静的位置i

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by charon1982 at 2009-1-6 17:21:
那你引入ATG,也不一定在这里启动表达啊

请教下为什么不一定在这个位置启动表达啊?
10楼2009-01-07 00:15:39
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