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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » DNA重组 » cDNA中PCR出DNA中没有的片段？
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Mix-T

铜虫 (初入文坛)

[求助] cDNA中PCR出DNA中没有的片段？ 已有3人参与

我用同一个物种的cDNA和DNA扩增同一个基因，但是有时会出现一段序列在DNA上没有，cDNA中扩增到了。应该不会是模板污染，cDNA和DNA都是分开时间提的，试了好几次都有这种情况，想咨询一下，会有这种情况么？
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1楼 2017-04-22 22:21:47
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宁文峰

新虫 (小有名气)
★
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2017-04-23 22:45:43
考虑一下引物和内含子的相对位置，还有就是特异性

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所追求的不在明天，而在现在以前
2楼2017-04-22 22:43:28
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路在脚下1011

铜虫 (小有名气)
也许是病毒的基因

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3楼2017-04-22 22:44:40
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Mix-T

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 路在脚下1011 at 2017-04-22 22:44:40
也许是病毒的基因

不是呢，可能是个花色相关基因
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4楼2017-04-23 16:30:27
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Mix-T

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 宁文峰 at 2017-04-22 22:43:28
考虑一下引物和内含子的相对位置，还有就是特异性

扩出的基因的确是我要的基因，但就是cDNA PCR老多出一段让我很费解
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5楼2017-04-23 16:31:57
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宁文峰

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
Mix-T: 金币+3, ★★★很有帮助, 谢谢，我后来发现我的样品可能有问题，因为不同花色的结果一致了，但基因组仍存在差别。我现在重新验证一下 2017-05-09 15:10:44
引用回帖:
5楼: Originally posted by Mix-T at 2017-04-23 16:31:57
扩出的基因的确是我要的基因，但就是cDNA PCR老多出一段让我很费解...

如果你通过测序可以确定你的pcr产物序列没有问题（有内含子的dna比没有内含子的rna扩增小），并且pcr本身没问题，，那就要考虑1.数据库中的数据是否有问题，包括检索问题和序列本身问题2.因为花本身就是一个很复杂的器官，查一些相关的文献，看看花色基因调控相关问题3.多次重复实验，只有每一次结果一致，才能排除操作错误，才有继续探讨的价值。。。仅供参考。。

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所追求的不在明天，而在现在以前
6楼2017-04-23 21:52:32
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exon2002

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
PCR扩增出来的一定是有的片段。否则，创造性就大啦~~~
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7楼2017-04-24 06:50:57
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xuweitao

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你看到的多余的序列有多长? 都是什么序列？
从逻辑上分析，这段序列应该来自转录之后的某个rna编辑事件。
rna editing有种类型就是插入。如Pan-editing，插入多个U，逆转录后显示为T。
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8楼2017-04-24 09:10:37
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Mix-T

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by xuweitao at 2017-04-24 09:10:37
你看到的多余的序列有多长? 都是什么序列？
从逻辑上分析，这段序列应该来自转录之后的某个rna编辑事件。
rna editing有种类型就是插入。如Pan-editing，插入多个U，逆转录后显示为T。

后来发现是与另一个花色的基因序列一致了，但基因组上仍存在差别，因为基因组和cDNA不是同一批所以现在在怀疑样品问题，有后续了继续咨询，谢谢！
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9楼2017-05-09 15:12:45
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