应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » Autodock！求救！！
51/1返回列表
查看: 997  |  回复: 3
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

1215216349

新虫 (小有名气)

[求助] Autodock！求救！！

想找一个Stevioside（甜菊糖）的小分子作为受体，在pubchem上只发现有2D结构式，转成.pdb后根本对接不了，尝试用Chemsketch重新作图再转3D，无奈手残。所以，拜托了！！！请给我一个Stevioside的3D结构文件吧！！！！！！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
Nice to meet you!
1楼 2017-04-19 11:13:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

宋雷宋雷

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 1215216349 at 2017-04-21 12:09:07
谢谢，解决了。可不可以请教一下，autodock的模拟结果怎么样可以用pymol观察啊，autodock上点击就报错。...

您好，请问您怎么做的小分子PDB格式啊？可不可以跟我说一下 ，我下载的mol2格式转成PDB，对接不成功，最后run Autogrid 跟Autodock 时出现Fatal errors ：errors in readmap  ，是怎么一回事啊 而且不能生成NA MAP文件，求解？？？在下新手上路 ，求赐教。
赞一下 回复此楼
4楼2018-03-18 15:25:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 4 个回答

mddock

新虫 (小有名气)
Chemsketch的结构图直接导入对接软件。

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
2楼2017-04-19 11:22:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

1215216349

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by mddock at 2017-04-19 11:22:32
Chemsketch的结构图直接导入对接软件。

谢谢，解决了。可不可以请教一下，autodock的模拟结果怎么样可以用pymol观察啊，autodock上点击就报错。
赞一下 回复此楼
Nice to meet you!
3楼2017-04-21 12:09:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 4 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的？ +16 爱看书的可乐 2026-08-26 18/900 2026-08-28 16:41 by winsaint
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难 +11 Kittylucky 2026-08-27 12/600 2026-08-28 16:26 by lyxiaomc
[教师之家] 导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！ +8 苏东坡二世 2026-08-23 8/400 2026-08-28 14:41 by lkforward
[基金申请] 基金不中，共勉 +11 eulota 2026-08-26 11/550 2026-08-28 14:22 by 火星超人xi
[基金申请] 哪位高人中了，把查询到的截图贴出来让我看看，让我长长见识 +5 yuleib84 2026-08-26 6/300 2026-08-28 00:02 by yudaoqian88
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 申请删除本帖 +6 lyz123lyz 2026-08-27 7/350 2026-08-27 17:31 by 宁静致远sy
[文学芳草园] 梦想 +3 myrtle 2026-08-26 3/150 2026-08-27 10:01 by angelyueyi
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +7 process2012 2026-08-23 10/500 2026-08-26 19:23 by hmhminy
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件，有关系吗？ +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +23 koalala 2026-08-24 26/1300 2026-08-26 14:29 by 宝贝虫子
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +4 bjdxyxy 2026-08-26 4/200 2026-08-26 13:12 by qingmu1201
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 国际合作可查了，中了面上 (EPI+1)(金币+50) +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 牛来！米来！面来！ +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑，不妨来听听这首《基金之外》 +8 scalable 2026-08-24 8/400 2026-08-25 12:52 by jnhyjjm
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +9 图啦图啦 2026-08-24 10/500 2026-08-25 11:59 by 南海小哥
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办？ +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭