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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 兼并引物设计
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lh_1025

铁虫 (初入文坛)

[交流] 兼并引物设计

向论坛里的高手请教：

      我要克隆一个基因，现在已经在NCBI上找到其他物种的AA序列，通过比对后保守性比较低，最保守的才4个连续的AA残基，这样的片段仅有两到三个。我的问题是：根据这些保守的AA序列片段，如何能够保证所设计的兼并引物的Tm值，以及够确定这对引物合适呢？总不能仅仅将这两个AA片段翻译成核酸序列就可以了吧？
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1楼 2008-12-30 23:15:39
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lh_1025

铁虫 (初入文坛)
在线急等啊
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2楼2008-12-30 23:16:04
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chuan2388

金虫 (小有名气)
好像做这方面的很少啊
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把时间都浪费在自己身上吧！
3楼2009-04-28 07:46:19
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huhu5860

新虫 (初入文坛)
保守性这么低，我估计设计出的引物煎饼性太高根本没法用！
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4楼2009-04-28 08:31:17
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DLLB

金虫 (小有名气)
之前做过这方面的实验，我的保守序列有六七个，但是还是没有得到完整基因。我是这样做的，希望对你有所帮助：查到保守氨基酸序列，从中选出相似物种的基因序列，以此为参考设计兼并引物，这样的话兼并性会小很多。但是我做PCR的时候还是有很多杂带，最后没有成功。
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5楼2009-04-28 10:41:42
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love_st

金虫 (著名写手)
几个序列一起比的？既然是表达同一蛋白的基因，AA上保守性应该比较强才对的，可以适当的减少比对的序列，一次比对太多我觉得结果不理想
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6楼2009-04-28 14:00:05
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