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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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lh_1025

铁虫 (初入文坛)

[交流] 兼并引物设计

向论坛里的高手请教:

      我要克隆一个基因,现在已经在NCBI上找到其他物种的AA序列,通过比对后保守性比较低,最保守的才4个连续的AA残基,这样的片段仅有两到三个。我的问题是:根据这些保守的AA序列片段,如何能够保证所设计的兼并引物的Tm值,以及够确定这对引物合适呢?总不能仅仅将这两个AA片段翻译成核酸序列就可以了吧?
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love_st

金虫 (著名写手)


几个序列一起比的?既然是表达同一蛋白的基因,AA上保守性应该比较强才对的,可以适当的减少比对的序列,一次比对太多我觉得结果不理想
6楼2009-04-28 14:00:05
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chuan2388

金虫 (小有名气)

好像做这方面的很少啊
把时间都浪费在自己身上吧!
3楼2009-04-28 07:46:19
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huhu5860

新虫 (初入文坛)

保守性这么低,我估计设计出的引物煎饼性太高根本没法用!
4楼2009-04-28 08:31:17
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DLLB

金虫 (小有名气)

之前做过这方面的实验,我的保守序列有六七个,但是还是没有得到完整基因。我是这样做的,希望对你有所帮助:查到保守氨基酸序列,从中选出相似物种的基因序列,以此为参考设计兼并引物,这样的话兼并性会小很多。但是我做PCR的时候还是有很多杂带,最后没有成功。
5楼2009-04-28 10:41:42
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