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五彩心灯

铁虫 (初入文坛)

[求助] SWISS-MODEL 预测蛋白质二聚体 已有1人参与

有个已知的蛋白,想用swiss-model 预测能否形成分子间的二聚体,如何操作?@oxox6085
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jjxa

新虫 (初入文坛)

SWISS-MODLE建模时点击start modelling 然后点击右侧User temple 按钮,你想建二聚体模型,先将你的待建模型序列粘上去,然后自己在PDB数据库里下载一个二聚体模板(template),将这个模板手动粘到template File中,点击建模就可以了。重点是下载PDB中已有二聚体的文件为模板这一步,你要对你的蛋白有一些了解,寻找时可以在PDB里BLUST,然后筛选二聚体模型。不知道你的问题解决了没有,希望能帮到有类似问题的小伙伴吧!
6楼2018-01-02 17:52:40
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五彩心灯

铁虫 (初入文坛)

请问如何预测某个蛋白质能否形成分子间的二聚体?

发自小木虫Android客户端
2楼2017-03-13 12:05:42
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jhjjy2013

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你可以试试在swiss model 中写上两条链的蛋白序列试试,不过我也没有做过,猜测应该是可以的。
另外其它同源建模软件也能实现上述要求,如Modeller等。
3楼2017-03-13 15:46:49
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五彩心灯

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by jhjjy2013 at 2017-03-13 15:46:49
你可以试试在swiss model 中写上两条链的蛋白序列试试,不过我也没有做过,猜测应该是可以的。
另外其它同源建模软件也能实现上述要求,如Modeller等。

不行,我试了。两个链放到一块,还是给出一个模型。

发自小木虫Android客户端
4楼2017-03-14 17:21:43
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