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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » SWISS-MODEL 预测蛋白质二聚体
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五彩心灯

铁虫 (初入文坛)

[求助] SWISS-MODEL 预测蛋白质二聚体 已有1人参与

有个已知的蛋白，想用swiss-model 预测能否形成分子间的二聚体，如何操作？@oxox6085
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1楼 2017-03-13 10:27:20
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五彩心灯

铁虫 (初入文坛)
请问如何预测某个蛋白质能否形成分子间的二聚体？

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2楼2017-03-13 12:05:42
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jhjjy2013

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你可以试试在swiss model 中写上两条链的蛋白序列试试，不过我也没有做过，猜测应该是可以的。
另外其它同源建模软件也能实现上述要求，如Modeller等。
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3楼2017-03-13 15:46:49
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五彩心灯

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jhjjy2013 at 2017-03-13 15:46:49
你可以试试在swiss model 中写上两条链的蛋白序列试试，不过我也没有做过，猜测应该是可以的。
另外其它同源建模软件也能实现上述要求，如Modeller等。

不行，我试了。两个链放到一块，还是给出一个模型。

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4楼2017-03-14 17:21:43
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jhjjy2013

银虫 (初入文坛)
你用modeller试试，不过这个不太好学

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5楼2017-03-14 21:54:56
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jjxa

新虫 (初入文坛)
SWISS-MODLE建模时点击start modelling 然后点击右侧User temple 按钮，你想建二聚体模型，先将你的待建模型序列粘上去，然后自己在PDB数据库里下载一个二聚体模板（template），将这个模板手动粘到template File中，点击建模就可以了。重点是下载PDB中已有二聚体的文件为模板这一步，你要对你的蛋白有一些了解，寻找时可以在PDB里BLUST,然后筛选二聚体模型。不知道你的问题解决了没有，希望能帮到有类似问题的小伙伴吧！
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6楼2018-01-02 17:52:40
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